[发明专利]一种空肠弯曲杆菌感染相关鸡microRNA的鉴定方法

摘要

一种空肠弯曲杆菌感染相关鸡microRNA的鉴定方法，包括步骤如下：第一步，采集鸡胎粪，检测空肠弯曲杆菌阳性率；第二步，采集盲肠内容物用于空肠弯曲杆菌计数和盲肠组织样品用于RNA提取；第三步，提取样品总RNA，质检；混池；第四步，构建测序样本文库；第五步，进行Solexa测序；第六步，进行后续分析；第七步，预测其靶基因；第八步，根据microRNA及其靶基因信息得出与空肠弯曲杆菌cfu感染相关的microRNAs。本发明对其靶基因进行调控，间接参与很多免疫相关的信号通路，在鸡空肠弯曲杆菌感染中起着重要的调节作用，可能是抗空肠弯曲杆菌感染选育中的重要候选microRNAs，为今后我们深入研究microRNA在空肠弯曲杆菌中的作用机制奠定基础，为鸡的分子抗病育种提供理论基础和科学依据。

主权项

一种空肠弯曲杆菌感染相关鸡microRNA的鉴定方法，其特征在于，包括步骤如下：第一步，采集1日龄鸡胎粪，通过特定培养基检测空肠弯曲杆菌阳性率；第二步，对空肠弯曲杆菌阴性鸡只接种约10⁸cfu空肠弯曲杆菌，对照组接种等量PBS，接种后大于等于4个时间点采集盲肠内容物用于空肠弯曲杆菌计数和盲肠组织样品用于RNA提取；第三步，根据空肠弯曲杆菌感染后的阳性率与动态变化结果，选择鸡对空肠弯曲杆菌感染敏感的时间点，采集鸡盲肠组织为实验材料；采用mirVana^TM miRNA提取试剂盒提取样品总RNA，抽提所得总RNA经安捷伦生物分析仪2100进行质检；处理组和对照组组内分别进行混池，每个组内均有2‑3个混池；第四步，按照“TruSeq小RNA样品准备指南”对纯化后的总RNA进行3′端接头连接、5′端接头连接、反转录、扩增和cDNA纯化步骤，构建测序样本文库，其中处理组≥2，对照组≥2，并对所述测序样本文库进行质检；第五步，对纯化后的所述测序样本文库进行Solexa测序；第六步，进行后续分析，包括小RNA测序产出的总读数分布情况，比对数据库信息、小RNA比对数据库信息、以及小RNA的长度分布统计；第七步，利用生物信息学方法分析鉴定感染与非感染鸡盲肠组织中的差异表达的microRNA，预测其靶基因，并对靶基因的功能分类及所参与的信号通路进行分析；第八步，综合第六步与第七步中microRNA表达的差异显著性、靶基因相关的显著富集的基因本体论术语(GO Tterm)与信号通路结果，得出与空肠弯曲杆菌感染相关的microRNAs。