本发明公开了一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物,鉴定每个转录本的特异序列,根据每个转录本的特异序列,设计特异性引物,对鸡mRNA进行扩增,扩增程序为:94℃预变性5min;35个循环:94℃变性30s,60.9℃退火30s,72℃延伸30s;72℃延伸5min;4℃保存;扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,根据电泳结果和目的条带大小可以分辨出不同转录本,所述的特异性引物序列如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:4所示。本发明针对每个转录本序列,设计了转录本特异引物,通过反转录PCR技术可以扩增出特定的转录本,对不同转录本功能的分析研究奠定基础。