[发明专利]家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法

摘要

本发明提供了一种家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法。从孟德尔遗传疾病的家系中至少选取5人提取基因组DNA；获取与疾病相关的目标基因信息；对每个基因组DNA中的目标基因区间的DNA片段进行扩增、测序；分别挑选每个基因组DNA在目标基因区间存在的所有变异位点；获取每个变异位点在每个基因组DNA的基因型；变异位点在每个基因组DNA的分型结果结合疾病性状进行遗传分析，从而确认该疾病关联的等位基因单体型变异标签。本发明采用只针对特定疾病关联基因外显子的PCR扩增子测序的方式，目标区域小，测序成本低，实施周期短，结果可靠。可应用于试管婴儿胚胎植入前遗传诊断PGD或孕期胎儿诊断PD。

主权项

一种用于确认多发性骨疣疾病关联等位基因单体型变异标签的方法，该方法是非疾病诊断目的的，其特征在于，包括：1)从单个位点基因变异导致的多发性骨疣疾病的家系中至少选取5人提取基因组DNA样本；所选多发性骨疣疾病的家系成员中，包括成员A为作为多发性骨疣疾病患者或者缺陷基因单体型携带者并即将进行生育者，成员B为成员A的父亲，成员C为成员A的母亲，成员D为阳性对照，即患多发性骨疣疾病，成员E为阴性对照，即无所述多发性骨疣疾病性状；如果成员A的患疾病风险来自父系，则成员D和成员E从父系家族成员中选择；如果成员A的疾病风险来自母系，则成员D和成员E从母系家族成员中选择，其中成员E与家族中的其他疾病患者有直接的血缘关系，即父母、子女或者兄弟姐妹；2)获取与所述疾病相关的目标基因信息；3)对步骤1)提取的每个基因组DNA样本中的所述目标基因区间的DNA片段进行扩增、测序；在获取目标样本数全基因组DNA以后，以目标样本数各个全基因组DNA为模版，针对EXT1和EXT2两个基因在NCBI基因注释数据库中总共27个外显子:EXT1 11个，EXT2 15个，每个外显子都设计了一对或多对引物，参见以下引物，对模版DNA进行PCR扩增；4)分别挑选每个基因组DNA样本在所述目标基因区间存在的所有变异位点；5)获取每个所述变异位点在每个基因组DNA样本的纯合或杂合状态基因型AA、Aa或aa；6)所述变异位点在每个基因组DNA样本的分型结果结合疾病性状进行遗传分析以确认疾病关联等位基因单体型，从而确认该疾病关联的等位基因单体型变异标签；所述的遗传分析采用如下基因分型和疾病状态对照表，如果找到记录，则二元多态性中罕见的等位基因单体型a作为单体型变异标签，其中，该对照表中Aa表示二倍体等位基因状态处于杂合子状态，AA或aa表示二倍体等位基因处于纯合子状态，“+”表示疾病性状为阳性，“‑”表示疾病性状为阴性，7)将等位基因单体型变异标签进行检索确认有记载，并将DNA翻译成蛋白质，所述蛋白质的氨基酸序列发生改变，则进一步确认所述等位基因单体型变异标签与疾病关联的可靠性。