[发明专利]家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法

说明书

技术领域

本发明属于遗传学、分子生物学，具体涉及一种家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法。

背景技术

胚胎植入前遗传诊断PGD是一种用于判断待植入试管婴儿胚胎是否具有疾病风险或者是携带疾病等位基因的方法统称。孕期胎儿诊断PD则是一种判断怀孕后的胎儿是否具有疾病风险或者是携带疾病等位基因的方法统称。随着细胞DNA序列特异性荧光标记以及单细胞测序方法的出现，PGD成为在胚胎早期检测单基因上所发生变异而导致遗传疾病的一种非常有效的处理手段。但是该方法所要求的单细胞或极少量DNA操作要求较高。而PD则可以采集多细胞的胎儿样本，DNA操作就相对容易。PGD和PD有的是针对整条染色体的（整倍体异常、例如唐氏综合症患儿），有的则是针对局部DNA片段范围，甚至单个核苷酸的变异（含碱基的替换、插入以及缺失）来进行的。通过这种诊断，可以通过胚胎植入干预或者中止妊娠的方式在家族后代有效地减小疾病的风险，达到优生目的。

为了达到诊断局部DNA片段变异的目的，首先需要在某一家族里确认针对其遗传性疾病的特定DNA区域的变异标签，即在某一基因区域的找到局部替换、插入或缺失。这是进一步进行PGD和PD的重要前提。在此，为了确认针对遗传性疾病在特定家族里的特定参考物信息标签，即以较为经济且可靠的方式在特定DNA区域的找到局部替换、插入或缺失，并确认其与该家族的遗传疾病的关联性，是操作PGD和PD的重要前提。到目前为止，虽然有报道某些疾病关联点突变的某些个例，并可用于相应的PGD和PD诊断，但是针对不同疾病甚至同一症状疾病在不同家族里个性化PGD标签，一直都没有出现过统一的标准化方法。不同的机构或研究人员根据各自偏好，采用不同的采样标准和技术路线，获取各自认为可靠的PGD或PD诊断标签。因此，发明了一种方法，寻找针对不同单基因变异疾病关联的一个或多个家族特异性变异位点，并以其为目标设计用于PGD或者PD胚胎诊断的参考物。

发明内容

针对现有技术不足，本发明的目的是提供一种家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法。

为实现上述目的，本发明提供了一种家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法。

一种家族特异性遗传病关联等位基因单体型变异标签确认方法，包括以下步骤，

1）从单个位点基因变异导致的遗传性疾病即孟德尔遗传疾病的家系中至少选取5人提取基因组DNA样本；

2）获取与所述疾病相关的目标基因信息；

3）对步骤1）提取的每个基因组DNA样本中的所述目标基因区间的DNA片段进行扩增、测序；

4）分别挑选每个基因组DNA样本在所述目标基因区间存在的所有变异位点；

5）获取每个所述变异位点在每个基因组DNA样本的纯合或杂合状态基因型AA、Aa或aa；

6）所述变异位点在每个基因组DNA样本的分型结果结合疾病性状进行遗传分析以确认疾病关联等位基因单体型，从而确认该疾病关联的等位基因单体型变异标签。

优选的，所述步骤1），所选孟德尔遗传疾病的家系成员中，包括成员A为作为孟德尔遗传疾病患者或者缺陷基因单体型携带者并即将进行生育者，成员B为成员A的父亲，成员C为成员A的母亲，成员D为阳性对照，即患孟德尔遗传疾病，成员E为阴性对照，即无所述孟德尔遗传疾病性状。

进一步地，如果成员A的患疾病风险来自父系，则成员D和成员E从父系家族成员中选择；如果成员A的疾病风险来自母系，则成员D和成员E从母系家族成员中选择，其中成员E与家族中的其他疾病患者有直接的血缘关系，即父母、子女或者兄弟姐妹。

优选的，全基因组DNA样本来源于体细胞，并不局限于外周血，任何具有等位基因二倍体信息的体细胞，例如口腔上皮细胞、组织培养物、甚至毛发等临床样本。

优选的，步骤2）的目标基因信息通过文献和/或数据库确定外显子框架。

进一步地，步骤3）中所述扩增的引物设计在内含子上并覆盖外显子，或者设计多个扩增子引物而全面覆盖较长外显子。

优选的，步骤3）中所述测序为Sanger法测序或高通量测序。