[发明专利]甘蓝型油菜全基因组SCAR分子标记及制备方法和应用

摘要

本发明公开了一种甘蓝型油菜全基因组SCAR分子标记及制备方法和应用，人工创造的甘蓝型油菜全基因组的SCAR标记110个，其步骤（1）在白菜基因组序列数据库和甘蓝基因组序列数据库，每间隔一段长度挑选序列；（2）搜索与所得序列同源性最高的甘蓝型油菜序列；（3）比较与所得Tapidor和Ningyou7同源序列的差异；根据差异序列设计PCR扩增引物；（4）利用所得PCR引物，扩增Tapidor和Ningyou7基因组DNA，产生SCAR分子标记；（5）筛选得到在油菜品种稳定扩增的阳性标记PS3+21和RAC1‑P3+4，作为SCAR标记检测体系的阳性对照；（6）利用所得SCAR分子标记鉴别冬油菜品种。本发明极大地节约人力物力、缩短鉴定周期、提高新品种鉴定效率，提供了一种方便快速鉴定甘蓝型油菜不同品种的方法。

主权项

一种甘蓝型油菜全基因组SCAR分子标记试剂盒，其特征在于：所述的试剂盒包括110个分子标记引物对，所述的引物对为：分子标记Bn1‑30L+R引物对为：正向引物：ctttggtggtgaatcgtcaa反向引物：accagaggcttggttctttg；分子标记Bn1‑31L+R引物对为：正向引物：ttggtactccaagggtcctg反向引物：tgcagtgtttcaggcaaaag；分子标记Bn1‑32L+R引物对为：正向引物：ggggaaaatgaaatttgtgc反向引物：gtggtggtggtgtggtgtta；分子标记Bn1‑33L+R引物对为：正向引物：cccaaaaccataccaacctg反向引物：gttggatttgctccaatggt；分子标记Bn1‑34L+R引物对为：正向引物：cagcatctgacgcgtgtact反向引物：gcctggtacggatcgttaag；分子标记Bn1‑35L+R引物对为：正向引物：gccttaacgatccgtaccag反向引物：gctcaaaccgcagttaccat；分子标记Bn1‑36L+R引物对为：正向引物：aacaaccgcgagagagagag反向引物：agcaacaagcagacccaagt；分子标记Bn1‑18L+R引物对为：正向引物：caccggagagatacctgaagatc反向引物：aatgattcccgaagaggtcaat；分子标记Bn1‑19L+R引物对为：正向引物：acaacaactctctccaaggaact反向引物：atttccatcaagagacaacacaag；分子标记Bn1‑G1L+R引物对为：正向引物：ctaacacaccacaggtggagtg反向引物：atcaatgctattgttacttgagac；分子标记Bn1‑G3L+R引物对为：正向引物：atctttgtgaagtgatcatgcagat反向引物：ggtctatatggtatttacttgtgcg；分子标记Bo1‑10L+R引物对为：正向引物：taaagtatatttgatggtacacgggtat反向引物：caaaaatagaacaatgcctatgtacaa；分子标记Bn2‑30L+R引物对为：正向引物：gcacatgggctctctctctc反向引物：ccgaggaagcttgattgaaa；分子标记Bn2‑31L+R引物对为：正向引物：ggcaagtcagcgaaaacatt反向引物：cccatgaactttggggtcta；分子标记Bn2‑2L+R引物对为：正向引物：tggaattgaatggttggatctg反向引物：tcatcattatcatcaaaagtacacaa；分子标记Bn3‑30L+R引物对为：正向引物：tttcccttcgacctcagcta反向引物：tgaagcaacttcagccattg；分子标记Bn3‑31L+R引物对为：正向引物：tagggcatgattatcgcaca反向引物：gttggggcaggttttagtga；分子标记Bn3‑31L+R引物对为：正向引物：cgttgaaaattcccatgctt反向引物：tctcttggtgatcgggagtc；分子标记Bn3‑32L+R引物对为：正向引物：tacaaaaacgcaacgcagag反向引物：cattgggggaaaacagaaaa；分子标记Bn3‑4L+R引物对为：正向引物：taccacactagcaatgacaacacct反向引物：ttcagacaaaggctctgtttcagact；分子标记Bn3‑6L+R引物对为：正向引物：acaaacatcacacagtgccatctt反向引物：agtattggtttattctctaggctgc；分子标记Bn3‑7L+R引物对为：正向引物：caaacaatttcaaatcttagcagcc反向引物：cgagctctgctggacgaact；分子标记Bn4‑30L+R引物对为：正向引物：ccggagaaccacttacctga反向引物：agatcggaaccgaggaaaat；分子标记Bn4‑31L+R引物对为：正向引物：catgggaggattcctttgaa反向引物：ttttagccgcgaaattgagt；分子标记Bn4‑3L+R引物对为：正向引物：attctaatccacattcaactactcg反向引物：ttgcatctttatattcatcatcttca；分子标记Bn4‑G1L+R引物对为：正向引物：gcatcgtgtcaccctttaaatc反向引物：tccctgttacaaagcaaagcatt；分子标记Bn5‑30L+R引物对为：正向引物：tgtttcggtaggcattctcc反向引物：tgtggaatggcatgaagtgt；分子标记Bn5‑31L+R引物对为：正向引物：cgaagatcgaagggagacag反向引物：ccttcccacatcttgcctaa；分子标记Bn5‑32L+R引物对为：正向引物：ggctccctcttgtttgacag反向引物：gaagcgttgttggttggatt；分子标记Bn5‑33L+R引物对为：正向引物：ctgcaggaaaagaggagctg反向引物：gggacaccttcgacttgaaa；分子标记Bn5‑34L+R引物对为：正向引物：ataatcgcctgtccaccaag反向引物：ccgctggaacgatgtttact；分子标记Bn5‑35L+R引物对为：正向引物：cgcgcttaacctaccattct反向引物：gaacaaagggggagaaaagc；分子标记Bn5‑G2L+R引物对为：正向引物：taagttaggagaatctcatgagttgt反向引物：agtttaagattaacattgtcctgtctc；分子标记Bn6‑30L+R引物对为：正向引物：gtgaaatcgaggagctggag反向引物：tttgcctccccactaacaac；分子标记Bn6‑31L+R引物对为：正向引物：tttatggttgcgattccaca反向引物：tgtccagattcactcgcttg；分子标记Bn6‑32L+R引物对为：正向引物：tctcgcaaggaatagcgaat反向引物：gactgagtcccaggaagctg；分子标记Bn6‑33L+R引物对为：正向引物：agcgaccgctaacacctaaa反向引物：gtgtgggaacggtctgagat；分子标记Bn6‑34L+R引物对为：正向引物：tggccatatcaatcgtcaaa反向引物：ttgagcgatctgtggctatg；分子标记Bn6‑35L+R引物对为：正向引物：cgcttttggtttcttgatcc反向引物：tatttgggcccatcaaacat；分子标记Bn6‑4L+R引物对为：正向引物：ctctgytctttctctcttttgtcg反向引物：gagcttgtcctcctcaactttg；分子标记Bn6‑G15L+R引物对为：正向引物：aaacaccaaaaggaacaaatgag反向引物：cagctgttacacagatggtttacag；分子标记Bn6‑G16L+R引物对为：正向引物：agctttgtcccaatcagcacc反向引物：cagctgttacacagatggtttacag；分子标记Bn6‑9L+R引物对为：正向引物：atccattgtctctgaagatgatga反向引物：aaattcacgttcaatctcgtcaag；分子标记Bn7‑30L+R引物对为：正向引物：gatggattggtggtctgctt反向引物：tcctccttgaatccaacacc；分子标记Bn7‑31L+R引物对为：正向引物：gaggtggttagccgccttat反向引物：gtgcccagttgacgaatttt；分子标记Bn7‑32L+R引物对为：正向引物：atggccaatggaaagttcag反向引物：acatctcgctctccatcacc；分子标记Bn8‑30L+R引物对为：正向引物：aggacaccacaccacactga反向引物：tgcctcctccacttcttctc；分子标记Bn8‑31L+R引物对为：正向引物：cctctcaccatcaccgtctt反向引物：gagaagccacaagcatcaca；分子标记Bn8‑1L+R引物对为：正向引物：atcttcctcgtgatatattgatgtg反向引物：aaacagctctttgtaaccgttc；分子标记Bn8‑3L+R引物对为：正向引物：atttatcaggtgggacgcagtg反向引物：tgattttcgtgtggatttggat；分子标记Bn8‑5L+R引物对为：正向引物：ccctcaagttggaggtgaaagat反向引物：ccttgacacgtcgatctctaagc；分子标记Bn8‑G8L+R引物对为：正向引物：catgtaatatgtgaagcaatctcc反向引物：gttgtgcaagttgtacagcagaag；分子标记Bn8‑G10L+R引物对为：正向引物：atattttgaaaggtctataatggaat反向引物：gattcttggtgaagggaagagc；分子标记Bn8‑4L+R引物对为：正向引物：aggagttggagagggagtggt反向引物：ttttggggtgagagcatcctc；分子标记Bn9‑30L+R引物对为：正向引物：agggcatactggttcaaacg反向引物：ttaaatcgcccaaaatctcg；分子标记Bn9‑31L+R引物对为：正向引物：tgggctgagatttttgaagc反向引物：cggtgcagaatgaggatacc；分子标记Bn10‑30L+R引物对为：正向引物：tcaatacgcaccgaacaaaa反向引物：gtccaaacccagactcttcg；分子标记Bn10‑31L+R引物对为：正向引物：ttgcaattgggagctatgac反向引物：atgaaggcatgaaccaaagc；分子标记Bn10‑32L+R引物对为：正向引物：cttgacgacggattgtgatg反向引物：gctagaggagcatggctacg；分子标记Bo1‑30L+R引物对为：正向引物：ggagatgctctaacgagacga反向引物：accgaggctgtattggtgaa；分子标记Bo1‑31L+R引物对为：正向引物：tcaaagccggtgctctaaat反向引物：gcccgtcgattaaagaaaca；分子标记Bo1‑32L+R引物对为：正向引物：gcatgcgtttcaagatgaga反向引物：cccattgaacctgaagcatt；分子标记Bo1‑33L+R引物对为：正向引物：gcatgcgtttcaagatgaga反向引物：cccattgaacctgaagcatt；分子标记Bo1‑34L+R引物对为：正向引物：tgttcgacatcaagggtgaa反向引物：gttcccattttcgtctgcat；分子标记Bo1‑4L+R引物对为：正向引物：tagcgtaagcacagatagaggcaa反向引物：tttagctcaatgccattgacacta；分子标记Bo1‑8L+R引物对为：正向引物：attaatgtattctaaactcccttcc反向引物：atgtaccatcaaagatagtttagagtac；分子标记Bo1‑2L+R引物对为：正向引物：accgctagaaaccgtaaccact反向引物：tgattattaacctttaattgatgatg；分子标记C1G2‑1L+R引物对为：正向引物：gcggaggaacagttgtgtcc反向引物：ggataatataaaatatgattgattc；分子标记Bo2‑30L+R引物对为：正向引物：tcctgcacagccttttcttt反向引物：ccactcgctatgcgtaaaca；分子标记Bo2‑2L+R引物对为：正向引物：ataattgccaacgcgggtta反向引物：cacatcggattattcgggtca；分子标记Bo3‑30L+R引物对为：正向引物：tgcgcgcactagaagaataa反向引物：tttccccagaaaaagtggtg；分子标记Bo3‑31L+R引物对为：正向引物：tgcgcgcactagaagaataa反向引物：tttccccagaaaaagtggtg；分子标记Bo3‑32L+R引物对为：正向引物：tgtttcgctgtggtatctgc反向引物：tgcaaagattggtggaatca；分子标记Bo3‑33L+R引物对为：正向引物：ggtggcttctctgttcttcg反向引物：tgcatctccagcaacaagtc；分子标记Bo3‑4L+R引物对为：正向引物：aagcaatctctaatctattatatccg反向引物：gagatgccaacagataaacgat；分子标记Bo3‑5L+R引物对为：正向引物：aagcaatctctaatctattatatccg反向引物：catctatgtgacactgaaaagctatc；分子标记Bo3‑8L+R引物对为：正向引物：acagcttgagtacataagagatgg反向引物：aaaaagtacaacacgtattactccat；分子标记Bo3‑9L+R引物对为：正向引物：ccgaatctcaccccttatctagc反向引物：ccttagatgccataaccatagaga；分子标记Bo3‑13L+R引物对为：正向引物：acagctcagacgcgatctccta反向引物：tctcatctaaagaaagatcctctaac；分子标记Bo4‑30L+R引物对为：正向引物：gcagcaggtgaccgataaat反向引物：tgttgttttcccatcgtcaa；分子标记Bo4‑5L+R引物对为：正向引物：gcgagacgcgttagtgtgtg反向引物：aggtaaaagtactgaatgggtctac；分子标记Bo4‑6L+R引物对为：正向引物：gcgagacgcgttagtgtgtg反向引物：ctctggtataatctattgtttggag；分子标记C4G2‑1L+R引物对为：正向引物：cagaattttcgagaccaaaagc反向引物：aacagatccactatatgcgactat；分子标记Bo5‑30L+R引物对为：正向引物：tttgatcgagactgccactg反向引物：cacacaccaaccacgttttc；分子标记Bo5‑31L+R引物对为：正向引物：tggtgagatttcgagggaac反向引物：cctcttggatctttccacca；分子标记Bo5‑32L+R引物对为：正向引物：gccagccaaagatcaaacat反向引物：gtttctgtggaggctgaagg；分子标记Bo5‑4L+R引物对为：正向引物：cgttgggattcagaataagaaca反向引物：atcttcttacggatatgatccatc；分子标记Bo6‑30L+R引物对为：正向引物：tggggattgctttgtttttc反向引物：ccccaaaacctcatttctca；分子标记Bo6‑31L+R引物对为：正向引物：tacttgttgggcggaggtag反向引物：gacgacagggtagggtttga；分子标记Bo6‑32L+R引物对为：正向引物：cgcatgtgaagcattgtacc反向引物：ttcaagctaggctgcaaaca；分子标记Bo7‑8L+R引物对为：正向引物：tcgcacctgaaaacgcctt反向引物：agagttggaagaaggatgatgc；分子标记Bo7‑9L+R引物对为：正向引物：ttgtgtagcctttcttcattgac反向引物：aatcaagtaattggtaagaaagcat；分子标记Bo8‑30L+R引物对为：正向引物：tctgtcaagaacggatgctg反向引物：gttcagcacaatcccaaggt；分子标记Bo8‑15L+R引物对为：正向引物：ggaatcatattcattacctgcct反向引物：ctccttgtcttaatcccttcctg；分子标记Bo8‑20L+R引物对为：正向引物：tggtgtatatgtcagtaagtctgtct反向引物：tgcggtcgtgaaagaaattgata；分子标记Bo9‑30L+R引物对为：正向引物：tcggagctttggtgctagat反向引物：agggtgtccacatcggacta；分子标记Bo9‑31L+R引物对为：正向引物：aaactcgcggaaacgtattg反向引物：tttcgaaacgtgaaaacgtg；分子标记Bo9‑20L+R引物对为：正向引物：aacaccaacattcttacacttgattc反向引物：tcattatcacgttggtaactgca；分子标记Bo9‑21L+R引物对为：正向引物：ttaccacatcaaaagaacctaaaac反向引物：gcatagacatctggtaagattactga；分子标记Bo9‑25L+R引物对为：正向引物：gctgaacttgtcattatggcctc反向引物：gctttggacccatatatctgaac；分子标记Bol03AF1R1引物对为：正向引物：actaggaatctcgccgacag反向引物：gaccacccatagacgcctta；分子标记Bol03BF3R3引物对为：正向引物：acgcctcagcagagtggtat反向引物：gctccagattttgcaatggt；分子标记Bol03CF2R2引物对为：正向引物：cgctgaaggatttgctaagg反向引物：gcagtctcgcatgaagtgaa；分子标记Bol00BF3R3引物对为：正向引物：gctctgtgccattgcttgta反向引物：gtggagtgcgtagcaatgaa；分子标记Bol00CF1R1引物对为：正向引物：ggaagatgcatccagatggt反向引物：acactttttccgtccacacc；分子标记Bol02AF1R1引物对为：正向引物：aggcagaggatatggcattg反向引物：cctcacttgggacagatgct；分子标记Bol02AF3R3引物对为：正向引物：attgttcggtttgctgatcc反向引物：tctcctttcaccccagtcac；分子标记Bol00AF1R1引物对为：正向引物：ccaaggctcagatggtgaat反向引物：ccacctcatctgcactctca；分子标记Bol00AF2R2引物对为：正向引物：tcttgggttcggaaagaatg反向引物：tgacatccccagtcatcaaa；分子标记SPLF2R2的引物对为：正向引物：ttgattttaggccagggatg反向引物：cttgctctgccaccacacta。