[发明专利]一种染色体特异位点的筛选方法及应用

摘要

本发明提供了一种染色体特异位点的筛选方法，包括染色体特异位点的初步筛选、染色体特异位点的比较去除、利用PCR引物设计方法对染色体特异位点的筛选、利用实时定量PCR反应对PCR引物筛选位点的精筛等步骤。本发明还提供了该筛选方法在产前检测中的应用。本发明提供的染色体特异位点的筛选方法利用常用计算机软件在特定的一条染色体上筛选出特异位点序列，操作简单、成本低廉、筛选得到的特异位点序列数量少、特异性高。

主权项

一种染色体特异位点的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤：步骤一，染色体特异位点的初步筛选：根据已经人类基因组序列，对待研究的一条染色体特异位点初步筛选，得20‑30万个初筛位点序列，所述初筛位点序列满足以下条件：（1）序列长度的取值范围50‑70bp；（2）GC含量在45%～55%之间；（3）序列中不包含字符“N”；（4）与单核苷酸多态性位点库进行比较，序列中不存在任何单核苷酸多态性位点；（5）与基因组变异数据库中拷贝数变异信息进行比较，位点不能包含在任何已知的拷贝数变异中；（6）位点片段之间在Tm值以及互补方面具有较大的兼容性，即两位点片段间不能有超过10bp的同源序列，片段间的Tm值相差在4度以内。步骤二，染色体特异位点的比较去除：将步骤一得到的初筛位点序列与人类基因组序列比较分析，去除在多个地方匹配的位点，仅保留在一个位点匹配的序列，得5‑10万个单一匹配位点序列；步骤三，利用PCR引物设计方法对染色体特异位点的筛选：对步骤二中获得的单一匹配位点序列设计PCR引物，并去除不符合以下条件的单一匹配位点序列，得5000‑1万个PCR引物筛选位点序列：单一匹配位点序列的PCR引物不能互补，且所有PCR引物Tm值基本一致，即Tm值相差不超过4；步骤四，利用实时定量PCR对步骤三中筛选出的位点进行精筛：对步骤三中获得的PCR引物筛选位点序列混合并利用实时定量PCR反应检测验证，去除不符合条件的PCR引物筛选位点序列，得2000‑3000个染色体特异位点：PCR引物筛选位点的扩增效率基本一致，即通过实时定量PCR绘制出的标准曲线斜率相差不超过0.2。