[发明专利]一种染色体特异位点的筛选方法及应用

权利要求书

1.一种染色体特异位点的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤：

步骤一，染色体特异位点的初步筛选：根据已经人类基因组序列，对待研究的一条染色体特异位点初步筛选，得20-30万个初筛位点序列，所述初筛位点序列满足以下条件：

（1）序列长度的取值范围50-70bp；

（2）GC含量在45%～55%之间；

（3）序列中不包含字符“N”；

（4）与单核苷酸多态性位点库进行比较，序列中不存在任何单核苷酸多态性位点；

（5）与基因组变异数据库中拷贝数变异信息进行比较，位点不能包含在任何已知的拷贝数变异中；

（6）位点片段之间在Tm值以及互补方面具有较大的兼容性，即两位点片段间不能有超过10bp的同源序列，片段间的Tm值相差在4度以内。

步骤二，染色体特异位点的比较去除：将步骤一得到的初筛位点序列与人类基因组序列比较分析，去除在多个地方匹配的位点，仅保留在一个位点匹配的序列，得5-10万个单一匹配位点序列；

步骤三，利用PCR引物设计方法对染色体特异位点的筛选：对步骤二中获得的单一匹配位点序列设计PCR引物，并去除不符合以下条件的单一匹配位点序列，得5000-1万个PCR引物筛选位点序列：单一匹配位点序列的PCR引物不能互补，且所有PCR引物Tm值基本一致，即Tm值相差不超过4；

步骤四，利用实时定量PCR对步骤三中筛选出的位点进行精筛：对步骤三中获得的PCR引物筛选位点序列混合并利用实时定量PCR反应检测验证，去除不符合条件的PCR引物筛选位点序列，得2000-3000个染色体特异位点：PCR引物筛选位点的扩增效率基本一致，即通过实时定量PCR绘制出的标准曲线斜率相差不超过0.2。

2.根据权利要求1所述的一种染色体特异位点的筛选方法，其特征在于：步骤一中，初步筛选可利用软件完成，包括以下步骤：

（1）从人类基因组序列提取位点序列，筛选出不包含字符“N”以及GC含量在45%～55%的位点；

（2）将步骤（1）得到的位点与单核苷酸多态性位点库以及基因组变异数据库中拷贝数变异信息进行比较，筛选出不存在任何单核苷酸多态性位点和拷贝数变异信息的位点；

（3）将步骤（2）得到的位点与BWA索引数据库比较，并过滤，使位点片段之间在Tm值以及互补方面具有较大的兼容性，即两位点片段间不能有超过10bp的同源序列，片段间的Tm值相差在4度以内。

3.权利要求1所述的一种染色体特异位点的筛选方法在产前检测中的应用，其特征在于：从步骤四获得的2000-3000个染色体特异位点中随机选择500-1000个特异位点对待测染色体进行检测。