[发明专利]基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法

摘要

本发明涉及一种基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法。用于测定从DNA文库中的靶标富集的效率的方法包括将阴性对照序列和阳性对照序列添加至DNA文库，或从文库中挑选阴性对照序列和/或阳性对照序列；测定阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；使用诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；测定捕获后文库中的阴性对照序列的捕获后的量和阳性对照序列的捕获后的量；并基于阳性对照序列的捕获后的量、阴性对照序列的捕获后的量、阳性对照序列的捕获前的量和阴性对照序列的捕获前的量，测定靶标富集的效率。

主权项

用于测定从DNA文库中富集靶标的效率的方法，其包括：将阴性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阴性对照序列，且将阳性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阳性对照序列；测定DNA文库中的阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；使用至少一种诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；测定在所述捕获后文库中的所述阴性对照序列的捕获后的量和所述阳性对照序列的捕获后的量；并基于所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的比率，或基于将所述阳性对照序列的捕获前的量与所述阴性对照序列的捕获前的量的第一比率(i)与所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的第二比率(ii)进行比较测定所述靶标富集的效率，其中所述阴性对照序列是选自长散布元件(LINE)或短散布元件(SINE)的重复元件，所述阳性对照序列是在DNA文库中找到的那些或掺入DNA文库的外源序列。