[发明专利]基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法

权利要求书

1.用于测定从DNA文库中富集靶标的效率的方法，其包括：

将阴性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阴性对照序列，且将阳性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阳性对照序列；

测定DNA文库中的阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；

使用至少一种诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；

测定在所述捕获后文库中的所述阴性对照序列的捕获后的量和所述阳性对照序列的捕获后的量；并

基于所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的比率，或

基于将所述阳性对照序列的捕获前的量与所述阴性对照序列的捕获前的量的第一比率(i)与所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的第二比率(ii)进行比较

测定所述靶标富集的效率，

其中所述阴性对照序列是选自长散布元件(LINE)或短散布元件(SINE)的重复元件，所述阳性对照序列是在DNA文库中找到的那些或掺入DNA文库的外源序列。

2.根据权利要求1的方法，其中所述重复元件是Alu元件。

3.根据权利要求2的方法，其中所述重复元件是AluJo，AluJo的序列为SEQ ID NO:1。

4.根据权利要求1的方法，其中所述重复元件是L1MEe，L1MEe的序列为SEQ ID NO:5。

5.根据权利要求1的方法，其中所述诱饵序列包含核糖核酸(RNA)的低聚物。

6.根据权利要求1的方法，其中所述诱饵序列附在亲和性配体或固体载体上。

7.根据权利要求6的方法，其中所述亲和性配体是生物素。

8.用于测定从DNA文库中富集靶标的效率的方法，其包括：

将阴性对照序列添加至DNA文库，或从DNA文库中挑选阴性对照序列；

测定DNA文库中的阴性对照序列的捕获前的量；

使用至少一种诱饵序列，对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；

测定捕获后文库中的阴性对照序列的捕获后的量；

通过比较阴性对照序列的捕获前的量和阴性对照序列的捕获后的量，测定靶标富集的效率，

其中所述阴性对照序列是选自长散布元件(LINE)或短散布元件(SINE)的重复元件。

9.根据权利要求8的方法，其中所述重复元件是Alu元件。

10.根据权利要求9的方法，其中所述重复元件是AluJo，AluJo的序列为SEQ ID NO:1。

11.根据权利要求8的方法，其中所述重复元件是L1MEe，L1MEe的序列为SEQ ID NO:5。

12.根据权利要求8的方法，其中所述诱饵序列包含核糖核酸(RNA)的低聚物。

13.根据权利要求8的方法，其中所述诱饵序列附在亲和性配体或固体载体上。

14.根据权利要求13的方法，其中所述亲和性配体是生物素。