[发明专利]一种蛋白质三磷酸腺苷绑定位点预测方法

摘要

本发明公开了一种蛋白质三磷酸腺苷绑定位点预测方法。首先利用PSI-BLAST及PSIPRED程序获取蛋白质的进化信息和二级结构信息，并使用滑动窗口技术抽取每个氨基酸残基的特征；其次，利用随机下采样技术，对非绑定位点的样本进行多次随机下采样；然后，基于每次随机下采样得到的非绑定位点样本子集及绑定位点样本集训练一个SVM，对每个样本集的随机下采样得到多个SVM；最后，使用Dempster-Shafer证据理论对训练好的多个SVM进行集成。该方法优点在于：一是使用随机下采样技术，可以有效降低训练集的规模，加快模型训练速度；二是使用SVM集成技术，有效降低下采样导致的信息丢失，提高模型预测精度。

主权项

一种蛋白质三磷酸腺苷绑定位点预测方法，其特征在于包括以下四个步骤：第一步：特征提取，使用PSI‑BLAST及PSIPRED提取待预测蛋白质的进化信息及二级结构信息，并在此基础上，使用滑动窗口技术，将蛋白质序列中的氨基酸残基转换为向量形式表示；第二步：使用随机下采样技术，对非绑定位点的样本进行多次随机下采样；每次下采样得到的非绑定位点样本子集与绑定位点样本集构成一个训练集，从而构建多个训练集；第三步：在每个训练集上，训练一个SVM；第四步：使用Dempster‑Shafer证据理论对训练完毕的多个SVM进行集成。