[发明专利]利用关于基因组模型的数据集成的途径识别算法(PARADIGM)在审
申请号: | 201180075918.7 | 申请日: | 2011-10-31 |
公开(公告)号: | CN104011726A | 公开(公告)日: | 2014-08-27 |
发明(设计)人: | C·J·瓦斯科;S·C·本茨;J·M·斯图尔特;D·豪斯勒 | 申请(专利权)人: | 加利福尼亚大学董事会 |
主分类号: | G06F19/26 | 分类号: | G06F19/26;G06F19/12 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 赵蓉民;张全信 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | 根据测量的患者数据和基于途径元素的属性的概率途径模型构建患者样品特异的动态途径图,其中途径元素的一些属性是先验已知的,其中途径元素的其他属性是假定的,并且其中途径元素交叉关联并且指定至少一个途径的影响水平。优选的动态途径图就选择的参考途径活性提供测量的患者数据的背景。 | ||
搜索关键词: | 利用 关于 基因组 模型 数据 集成 途径 识别 算法 paradigm | ||
【主权项】:
产生动态途径图(DPM)的方法,包括:提供对储存多个途径元素的途径元素数据库的访问,每一途径元素表征为其参与至少一个途径;提供对与所述途径元素数据库偶联的修正引擎的访问;利用所述修正引擎将第一途径元素与至少一个先验已知的属性关联;利用所述修正引擎将第二途径元素与至少一个假定属性关联;分别利用所述已知属性和假定属性,应用所述修正引擎交叉关联并指定至少一个途径的所述第一途径元素和第二途径元素的影响水平,以形成概率途径模型;和利用所述概率途径模型,通过分析引擎,从患者样本的多个元素的多个测量的属性导出DPM,其具有特定途径的参考途径活性信息。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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