[发明专利]中高温油藏细菌种群检测基因芯片及其用途

摘要

本发明公开了中高温油藏细菌种群检测基因芯片及其用途。本发明是以待检测样品的基因组为模板，用标记的引物组进行扩增，然后将得到的扩增产物与生物芯片上的探针进行杂交，根据杂交结果确定油藏细菌群落构成；所述样品是指预测含有目的核酸序列的石油开发流体材料；所属油藏包括天然油藏及人工模拟油藏；所述引物组包括一种或一种以上的共用引物或者特异引物，并且能扩增包括油藏微生物识别碱基在内的核苷酸片段，长度是5-30nt；所述生物芯片包括若干种探针，探针能与所检测的微生物分子特异结合。本发明将为研究油藏环境细菌群落组成、结构和功能活动等提供一种快速、准确、高通量的工具；同时为现场实施效果提供理论依据和技术支持。

主权项

一种中高温油藏细菌种群检测基因芯片，其特征是制备方法如下：（一）设计油藏细菌特异性探针(1)油藏样品采集； (2)油藏细菌16 S核糖体RNA序列收集：以通用引物，对细菌16S核糖体RNA片段进行扩增，并测序；(3)细菌特异性探针：依据测序结果，设计油藏细菌属特异性探针；芯片上的条码序列探针序列结构通式为：NH2‑TTTTTTTTTTTTTTT‑条码序列，为探针的5′端氨基修饰，氨基旁边连接poly‑T15；（二）制备基因芯片：使用点样仪将探针以设定的顺序固定到醛基化修饰的玻片上，基因芯片是由针对109个细菌属的429条探针、点样的阳性质控QC、点样的阴性质控BC、杂交的阴性质控NC和杂交的阳性质控PC组成的阵列；QC是一端带有Hex标记，另一端氨基修饰的寡核苷酸探针，用于观察芯片点样和固定的效率，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTAGAGTGCTTGGTGCCATAAC‑HEX；BC为50％的二甲亚砜DMSO，用于质控点样过程中有无样品残留污染；NC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，与杂交液中的所有待检测序列不会杂交，用于观察有无非特异杂交，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTGCAACCACCACCGGAGG； PC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，可以与杂交液中添加的荧光标记的互补序列杂交，用于杂交过程的质控，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTGGTATCGCGACCGCATCCCAATCT。