[发明专利]中高温油藏细菌种群检测基因芯片及其用途

权利要求书

1.一种中高温油藏细菌种群检测基因芯片，其特征是制备方法如下：

（一）设计油藏细菌特异性探针

(1)油藏样品采集；

 (2)油藏细菌16 S核糖体RNA序列收集：以通用引物，对细菌16S核糖体RNA片段进行扩增，并测序；

(3)细菌特异性探针：依据测序结果，设计油藏细菌属特异性探针；芯片上的条码序列探针序列结构通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-条码序列，为探针的5′端氨基修饰，氨基旁边连接poly-T15；

（二）制备基因芯片：

使用点样仪将探针以设定的顺序固定到醛基化修饰的玻片上，基因芯片是由针对109个细菌属的429条探针、点样的阳性质控QC、点样的阴性质控BC、杂交的阴性质控NC和杂交的阳性质控PC组成的阵列；

QC是一端带有Hex标记，另一端氨基修饰的寡核苷酸探针，用于观察芯片点样和固定的效率，其序列为NH2-TTTTTTTTTTTTTTTAGAGTGCTTGGTGCCATAAC-HEX；BC为50％的二甲亚砜DMSO，用于质控点样过程中有无样品残留污染；NC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，与杂交液中的所有待检测序列不会杂交，用于观察有无非特异杂交，其序列为NH2-TTTTTTTTTTTTTTTGCAACCACCACCGGAGG； PC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，可以与杂交液中添加的荧光标记的互补序列杂交，用于杂交过程的质控，其序列为NH2-TTTTTTTTTTTTTTTGGTATCGCGACCGCATCCCAATCT。

2.一种中高温油藏细菌种群检测基因芯片的用途，其特征是，以下百分比均采用重量百分比：

（a）核酸扩增

分别以油藏样品基因组DNA为模板，用上游引物和下游引物PCR扩增；

（b）基因芯片杂交

取PCR产物加到杂交缓冲液中，变性，冰浴, 杂交混合物加入到点阵中反应；然后将芯片放置在水浴中杂交1小时；取出玻片分别在两种洗液中42℃各洗2 min，洗液Ⅰ：0.3×SSC/0.1%SDS，洗液II：0.06×SSC，最后，玻片稍离心甩干；其中杂交缓冲液：6×SSC, 5×Denhardt′s reagent, 25％甲酰胺, 0.1%SDS, 5nM c-PC；

（c）数据分析

使用芯片扫描仪扫描芯片，根据荧光信号强度及扫描图像分析目的油藏细菌群落结构。