[发明专利]组装基因组序列的方法和装置有效
| 申请号： | 201110049885.0 | 申请日： | 2011-03-02 |
| 公开（公告）号： | CN102206704A | 公开（公告）日： | 2011-10-05 |
| 发明（设计）人： | 韩长磊;陈文彬;张秀清;杨焕明 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技有限公司;深圳华大基因研究院 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;C12M1/00 |
| 代理公司： | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 11038 | 代理人： | 孙宝海 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种组装基因组序列的方法和装置。其中，该方法包括对长插入片段文库末端测序输出的短片段序列进行过滤以去除不合格的序列；将过滤后的短片段序列与参考基因组序列进行比对；根据比对结果将进行比对的成对短片段序列分为soap reads序列、single reads序列和unmap reads序列，并统计各类序列的数量；利用soap reads序列计算成对比对上的短片段序列在参考基因组序列的同一片段上的距离，并统计各个成对比对上的短片段序列在参考基因组序列上的距离分布；在距离分布满足阈值要求时，利用唯一成对比对上参考基因组序列的不同片段的single reads序列进行基因组序列的组装。 | ||
| 搜索关键词： | 组装 基因组 序列 方法 装置 | ||
【主权项】：
一种组装基因组序列的方法，其特征在于，包括：对长插入片段文库末端测序输出的短片段序列进行过滤以去除不合格的序列；将过滤后的短片段序列与参考基因组序列进行比对；根据比对结果将进行比对的成对短片段序列分为soap reads序列、single reads序列和unmap reads序列，并统计各类序列的数量；利用soap reads序列计算成对比对上的短片段序列在所述参考基因组序列的同一片段上的距离，并统计各个成对比对上的短片段序列在所述参考基因组序列上的距离分布；在所述距离分布满足阈值要求时，利用唯一成对比对上所述参考基因组序列的不同片段的single reads序列进行基因组序列的组装。
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