本发明公开了一种与小麦总小穗数QTL紧密连锁的分子标记及其应用。本发明提供了小麦3D染色体上特定片段作为分子标记在如下任一中的应用：鉴定小麦的总小穗数；选育总小穗数相对较多的小麦单株或株系或品系或品种；所述特定片段为SEQ ID No.5所示DNA片段。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新工具，可加快小麦高产品种的选育进程。
本发明属于分子标记辅助育种技术领域，公开了一种检测节节麦直立株型的dCAPS分子标记，扩增所述dCAPS分子标记的引物的上游引物序列如SEQ ID NO.3所示、下游引物序列如SEQ ID NO.4所示。该dCAPS标记能够准确的检测出是否含有TAC1的基因型，可以用于分子标记辅助选育含有AetTAC1‑T093基因的直立株型小麦。
本发明公开了一种黑麦通用2RL染色体特异共显性KASP分子标记及其应用，所述KASP分子标记为SWK2RL1，其KASP分子标记SWK2RL1的引物包括黑麦等位型上游引物、小麦等位型上游引物和共用下游引物；所述黑麦等位型上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；所述小麦等位型上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。本发明基于黑麦与小麦间的差异SNP位点，首次开发了黑麦通用2RL染色体的共显性KASP标记SWK2RL1，该标记遗传稳定性好、分辨率高，为高通量检测和追踪小麦背景下不同来源的黑麦2RL染色体、加快黑麦2RL染色体上优异基因的利用和转移提供了工具，可有效应用于小麦染色体工程育种和分子标记辅助选择育种。
本发明公开了一种小麦抗白粉病基因Pm2b高通量检测标记及其应用，所述标记为KASP529，其引物包括抗病位点上游引物、感病位点上游引物和下游引物；所述抗病位点上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述感病位点上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明提供的KASP标记KASP529与小麦抗白粉病基因Pm2b紧密连锁，可以高效、准确、高通量地检测Pm2b的遗传作图大群体，应用于Pm2b的精细定位和图位克隆；还可实现Pm2位点其他等位基因的高通量检测，为Pm2位点的深入解析及利用奠定基础；利用该标记进行分子标记辅助选择，可实现短时间内育种大群体中Pm2抗病基因的高通量筛选，有效提高育种效率，服务于小麦抗病分子育种。
