本发明公开了一种褐藻胶裂解酶及其基因和应用,褐藻胶裂解酶基因的核酸序列如SEQ ID N0:1;所述核苷酸序列编码的褐藻胶裂解酶Alg3,其氨基酸序列如SEQ ID N0:2。本发明还公开利用基因工程的技术方法,转化褐藻胶裂解酶基因的基因工程菌株为大肠杆菌,通过将所述褐藻胶裂解酶基因与载体连接,构建重组表达质粒,转化大肠杆菌来制备的褐藻胶裂解酶。所述褐藻胶裂解酶能够专一性降解海藻酸钠生产褐藻寡糖,并且可以与纤维素酶共同使用水解海带,产生水溶性寡糖产物,因此可以用于褐藻寡糖的制备,且反应条件温和,能源消耗少,无污染物产生,具有重要的工业应用价。