本发明公开了一种与棉花纤维长度相关的分子标记及其应用，属于棉花遗传育种技术领域。所述分子标记位于棉花基因组第16号染色体，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，包括突变位点SNP 1；所述SNP 1为chr16_41836768AG。本发明发现该位点与棉花纤维长度相关，并通过试验验证了，AA基因型个体纤维长度显著高于GG型个体(p0.05)，为优势基因型。本发明提供的分子标记可以准确的鉴定棉花纤维长度性状，有利于培育纤维品质较好的棉花个体，剔除纤维品质较差的个体，提高棉花的纤维品质，从而为优质棉花的选育提供科学依据。
本发明公开了鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记有两个，分别为chr23_16630630和chr23_16596338；chr23_16630630位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为T或C；chr23_16596338位于SEQ ID No.2所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为A或G。本发明在QTL定位基础上发现两个SNP标记，这两个标记在鉴定纤维比强度和马克隆值方面效果显著，可用于棉花纤维比强度和马克隆值分子标记辅助育种。
本发明公开了一个鉴定陆地棉衣分的SNP分子标记，所述分子标记位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第501位置处，该处碱基为T或C。检测待鉴定陆地棉基因组DNA中SNP位点的基因型，如果基因型为TT，则该陆地棉具有高衣分性状；如果基因型为CC，则该陆地棉具有低衣分性状。本发明的SNP分子标记可用于新品种选育，有助于打破遗传连锁、提高育种效率。
