本发明提供一种鉴别建泽泻与川泽泻的引物对及其应用,所述引物如下正向扩增引物SEQ ID NO.15’‑ GTGGGCTGAAGGATGTGGAG ‑3’;反向扩增引物SEQ ID NO.25’‑biotin‑ TGGCGTAAGAGTCCGACAAC ‑3’,测序引物SEQ ID NO.35’‑ ACTGTGCTGGGTCGC ‑3’。本发明采用焦磷酸测序方法鉴别建泽泻与川泽泻,所检测结果不仅能对差异碱基定性,还能定量,检测结果还能实时观察,能快速出具检测结果;所设计的引物特异性好、灵敏度高、稳定性强。