本发明公开了新疆紫草咖啡酸及迷迭香酸糖基转移酶及编码基因与应用。本发明提供了来自于新疆紫草的糖基转移酶,为SEQ ID No.6所示AeUGT_01、SEQ ID No.7所示AeUGT_02、SEQ ID No.8所示AeUGT_03、SEQ ID No.9所示AeUGT_04或SEQ ID No.10所示AeUGT_05。酶促反应发现AeUGT_01、02和05可在体外催化咖啡酸形成一种单糖基化产物;AeUGT_01、02、03、04及05可催化迷迭香酸生成至少一种单糖基化产物,其中AeUGT_01还可催化生成双糖基化产物。本发明对于生产咖啡酸及迷迭香酸糖基化产物具有重要理论及实际意义。