本发明公开了一种基于Micro‑CT的水稻垩白三维测定方法,包括以下步骤:S1、利用Micro‑CT技术对稻米样本进行扫描,获取稻米的断层扫描数据;S2、对获取的数据进行处理分析,重建三维图像,进而计算得到水稻垩白度;所述步骤S2中的处理分析过程包括以下步骤:利用Mimics Innovation Suite Research 19.0软件进行数据处理,对三维图像进行重建;图像重建后分别获得全米和垩白体积,计算得到稻米垩白度基于Micro‑CT的水稻垩白三维测定方法能够准确反映垩白的性状、位置和体积,能够实现活体水稻垩白三维测定,得到更准确的稻米垩白度测量值。