本发明涉及植物生物技术领域,具体涉及一种水稻抗白叶枯病基因Xa27的分子标记及其应用。本发明提供由如SEQ ID NO.1‑3所示的引物扩增得到的水稻抗白叶枯病基因Xa27的分子标记以及包括SEQ ID NO.1‑3所示引物的Xa27基因特异性引物组合。该标记实现了只需将简易提取的DNA样品通过简单的PCR和PAGE凝胶电泳检测即可完成对Xa27的基因分型,预测水稻白叶枯病抗性,具有基因分型准确、成本更低廉、检测通量和检测效率更高等优势,为水稻抗白叶枯病新种质的筛选和Xa27基因在种质资源抗性改良中的应用提供了高效的方法。