本发明公开了InDel标记引物组及其在花椰菜品种‘DX‑108’或种子纯度鉴定中的应用。本发明利用花椰菜品种‘DX‑108’的父母本重测序数据在全基因组范围内筛选差异InDel位点并设计特异性引物筛选得到12对InDel标记引物，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.24所示。基于PCR扩增反应，采用该12对InDel分子标记引物可在短时间内快速精确完成‘DX‑108’花椰菜品种和杂交种子纯度鉴定，需要检测样品量少、周期短、方法简单快捷、鉴定结果准确，可控制杂交种‘DX‑108’的制种质量，解决了花椰菜‘DX‑108’品种鉴定存在的周期长、人工投入大、鉴定不准确等问题。
本发明公开了白色花椰菜花球变紫性状的InDel分子标记及其引物和应用。本发明首先提供了分子标记的筛选方法，包括：配置F2分离群体；混池测序；分离群体混合分组分析和定位区间内InDel标记开发，最终筛选得到与白色花椰菜花球变紫性状紧密连锁的InDel标记Pur‑28，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示，其对应的引物的核苷酸序列分别为SEQ ID NO.2和3所示。应用所述的InDel分子标记的引物能够快速、准确的鉴定白色花椰菜花球变紫性状，在花椰菜幼苗期就可以进行花球不变紫的花椰菜种质资源进行鉴定和筛选，操作简单、准确性高、实验成本低廉、易于应用。
本发明公开了与紫色菜花颜色相关的分子标记在紫色菜花育种中的应用，所述分子标记的序列如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示，其中，在所述SEQ ID NO:1第51bp处发生T/A突变，第51bp处碱基为T时菜花颜色为紫色；在所述SEQ ID NO:2第56bp处发生A/DelA突变，第56bp处碱基为AA时菜花颜色为紫色；在所述SEQ ID NO:3第52bp处发生GCCATC的Ins/Del突变，第52bp处碱基为Ins/Ins时菜花颜色为紫色；可在幼苗阶段对菜花颜色进行准确预测，KASP基因分型技术可以大批量检测应用，有助于提高紫色菜花品种的鉴定效率，缩短鉴定时间。
本发明公开了一种与花椰菜花青素相关的分子标记及应用，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其存在于有花青素花椰菜的9号染色体上。开发的用于无花青素花椰菜辅助筛选的PCR引物，具有共显性、特异性强、稳定性好等优点，在55℃不产生非特异扩增，能够十分准确地检测出待测花椰菜材料是否为无花青素。采用本发明的引物NOPur‑F/NOPur‑R进行无花青素花椰菜的辅助筛选，在幼苗期就能够快速筛选出目标株系，提高育种效率。
本发明公开了一种与花椰菜紫色基因紧密连锁的分子标记及应用，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其存在于紫色花椰菜6号染色体上。开发的用于紫色花椰菜辅助筛选的PCR引物，具有共显性、特异性强、稳定性好等优点，在60℃不产生非特异扩增，能够十分准确地检测出待测花椰菜材料是否为紫色。采用本发明的引物CaPur‑F/CaPur‑R对紫色花椰菜的辅助筛选，在幼苗期就能够快速筛选出目标株系。因此，采用该标记进行辅助选择，可以快速筛选目标单株、提高育种效率。
