本发明公开了一种利用特异等位变异组合鉴定长绒棉的方法,属于分子生物学领域。本发明公开了一种SSR引物组合在鉴定长绒棉中的应用,所述SSR引物组合为能扩增出长绒棉特异等位变异片段的SSR引物,其核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1‑40所示。本发明对1572个细绒棉标准样品和46个长绒棉标准样品进行研究,发现20种等位变异只存在于长绒棉品种中,以此利用扩增这20种等位变异的SSR引物组合检测棉纺纱线是否含有长绒棉,本发明为长绒棉纺织的纱线检测提供了鉴定方法,保障纺织企业购买到货真价实的长绒棉纱线,有利于市场上长绒棉产品的推广。