本发明公开了鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合,SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记,碱基序列分别为如SEQ ID NO:1~96所示的核苷酸序列。本发明还公开了利用SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法,包括:步骤一、获取需要进行制种评估的鲑鳟鱼的基因组DNA;步骤二、获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型;步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果,分析得到该鲑鳟鱼的分型信息,判断出该鲑鳟鱼之间的亲缘关系,以确定该鲑鳟鱼是否适合做为亲本进行繁育;其中,多个SNP分子标记被包含于96个SNP分子标记中。本发明还公开了SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法。