本发明公开了一个陆地棉油分蛋白品质关联的葡萄糖‑甲醇‑胆碱氧化还原酶基因的应用。本发明提供了该基因在四倍体陆地棉中的cDNA序列SEQ ID NO.1和基因组序列SEQ ID NO.2。本发明提供的基因由陆地棉品种重测序和全基因组关联分析所得，与棉花棉仁的油分和蛋白含量显著关联。利用该基因SNP基因型来区分高品质和低品质单倍型。根据这两种单倍型对品种群体进行归类，并结合品质性状进行统计分析，同样证明GhGMC与棉花棉仁的油分和蛋白含量之间存在显著的相关性。以上结果说明该基因在高效鉴定高油分和高蛋白棉花品种、提高棉花油分蛋白含量和培育棉花高油分和高蛋白新品种中具有重要的研究价值和应用前景。
本发明提供了一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因。所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的基因组具有SEQ ID NO.1所示序列，或所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的cDNA具有SEQ ID NO.2所示序列。利用该基因SNP基因型来区分高品质和低品质单倍型，根据这两种单倍型对品种群体进行归类，并结合品质性状进行统计分析，证明GbCIPK与棉花品质性状之间存在显著的相关性。该基因在提高棉花品质性状和培育棉花高品质新品种中具有重要的研究价值和应用前景。
本发明公开了一个同时改良棉花纤维长度、强度、伸长率的ROPGEF基因及其应用。该基因基因组序列为：SEQ ID NO.2；基因GHLSF的基因组序列包含一个碱基C的删除，位于基因组序列的1988‑1990bp位置处，该位点原有的碱基的缺失导致对应的蛋白质提前终止。其中，单倍型TCA的棉花品种(系)的纤维品质显著优于单倍型TCC的棉花材料。该基因在高效鉴定优质纤维陆地棉品种、改良棉花纤维品质性状和培育棉花优质纤维新品种中具有重要的研究价值和应用前景。
本发明公开了一个改良棉花产量性状的糖苷水解酶基因及其启动子及其应用。该基因GHLP1基因组序列为：SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.12，启动子序列为：SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.13。基因GHLP1的外显子区域包含一个非同义突变的单核苷酸多态性位点，位于编码区序列的1174bp位置处，该位点碱基是T或G，对应的氨基酸为Ser或Arg；同时该基因上游471bp的启动子区域中包含一个单核苷酸多态性变异位点，该位点碱基是A或C。该基因启动子区域的单核苷酸多态性变异与棉花衣分性状和籽指性状密切关联，并且启动子单倍型CC的棉花品种(系)的产量性状显著优于单倍型AA的棉花材料。该基因在高效鉴定高产陆地棉品种、提升棉花产量性状以及培育棉花高产新品种中具有重要的研究价值和应用前景。
一种棉花全基因组SNP芯片及其应用，所述芯片命名为CottonSNP80K，包含82,259个SNP位点(SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：82,259)，主要基于陆地棉种内SNP变异定制，非常适于陆地棉种内基因分型检测，可大大克服陆地棉种内遗传基础狭窄，遗传多样性低的瓶颈。该芯片可以对陆地棉品种资源进行分子标记指纹分析，品种纯度和真实性鉴定，育种材料遗传背景的分析和筛选、农艺性状重要基因位点关联分析等。同时，该芯片也将有效用于海岛棉等其他棉种的种内及种间基因分型分析。
