本发明涉及联合靶向USP21与G3BP1mRNA在治疗人食管鳞状细胞癌中的应用。所述USP21基因的mRNA核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述G3BP1基因的mRNA核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。以本发明提供的USP21基因和/或G3BP1基因作为靶点,干扰抑制USP21基因和/或G3BP1基因的mRNA表达水平,可以有效抑制食管鳞状细胞癌细胞增殖、迁移与侵袭,并且设计了特异性敲低USP21基因与G3BP1基因mRNA表达水平的si‑USP21和si‑G3BP1。本发明还发现使用si‑USP21和si‑G3BP1的混合物si‑UG同时敲低USP21和G3BP1mRNA表达水平对USP21基因与G3BP1基因的抑制效果达到最佳,抑制食管鳞状细胞癌增殖与转移的效果最好,可应用于食管鳞状细胞癌靶向治疗药物的研发与制备。