本发明提供一种卡拉胶硫酸酯酶,其氨基酸序列为SEQ ID NO:1。并应用该酶降解κ‑卡拉胶,通过脱去硫酸基团,降低κ‑卡拉胶中硫酸基含量,脱硫率高,提高κ‑卡拉胶的凝胶强度,并能通过该酶来控制κ‑卡拉胶的流变性能。本发明利用从麒麟菜分离筛选高效降解卡拉胶的菌株基因组DNA,体外重组表达卡拉胶硫酸酯酶,脱硫率高,脱硫效果明显,与现有的化学法脱硫相对,克服了破坏性大、反应条件剧烈、对卡拉胶多糖结构影响大和效率低的缺点,与现有的硫酸酯酶脱硫效果相比,本发明的卡拉胶硫酸酯酶脱硫率远优于现有的硫酸酯酶。