本发明涉及一种含tms5基因的水稻温敏两用核不育系育性转育起点温度调控基因SOT1及该基因的应用。构成本发明所涉及的温敏两用核不育系育性转育起点温度基因SOT1的多核苷酸具有序列表中SEQID No:1所示的碱基序列,该基因编码SOT1蛋白,该蛋白具有序列表中SEQ ID No:2所示的氨基酸序列。发明人通过甲基磺酸乙酯对株1S进行化学诱变,获得育性转育起点温度升高的突变体EZ024,并利用人工气候箱精确鉴定了突变体的育性转育起点温度。采用图位克隆的方法从突变体EZ024中分离和克隆了控制水稻温敏型两用核不育系育性转育起点温度的基因SOT1,遗传互补实验证明了SOT1参与了育性转育起点温度的调控。