本发明公开了一个与小麦穗下节长度相关的KASP标记及其在辅助育种中的应用,属于作物选种培育技术领域。其中,KASP标记引物组FSI‑6B包括如SEQ ID NO:1所示的上游引物F1、如SEQ ID NO:2所示的上游引物F2和如SEQ ID NO:3所示的下游引物R。本发明提供的KASP标记引物组FSI‑6B可用于检测小麦6B染色体610799456bp位置碱基A或G的变异,该处碱基A或G的变异与小麦穗下节显著相关,当小麦基因组中的该位置的基因型为GG时,小麦表现为长穗下节;基因型为AA时,小麦表现为短穗下节;基因型为AG时,小麦穗下节长度介于二者之间。