本发明属于基因工程领域，具体涉及β‑呋喃果糖苷酶突变体及其应用。所述突变体是通过用另一种氨基酸残基取代SEQ ID NO：1所示氨基酸序列的下述位点的氨基酸残基而获得的β‑呋喃果糖苷酶突变体，所述的氨基酸残基位置为SEQ ID NO：1所示氨基酸序列中的：第218位，和/或第408位，和/或第410位。以上三个位点的单点及联合突变能够增强功能性寡糖的合成能力，催化蔗糖生成β‑2，6糖苷键连接的低聚果糖6F‑FOS的转化率显著提高。其中S218A/H410A为最佳突变体，其催化蔗糖合成低聚果糖的转化率最高可达62％(±5％)，且新生成了蔗果四糖，最高可达60g/L(±5％)。本发明的突变体β‑呋喃果糖苷酶合成新型低聚果糖6F‑FOS的能力比野生型显著提高，是合成β‑2，6型低聚果糖的优良生物催化剂。
