本发明公开了一种与大豆植株分枝数显著相关的InDel标记及其应用,涉及遗传育种技术领域,通过SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5所述的序列为引物对大豆基因组DNA进行PCR扩增,并对扩增产物判断,若扩增产物仅含1条主带,则对应待测大豆DNA没问题且植株分枝数多;若扩增产物包含两条主带,则对应待测大豆DNA没问题且植株分枝数少;本发明提供的方法能够有效、快速的刷选出大豆植株为分枝数多或少的品种,实现了筛选优异大豆植株材料的第一步,为深入开展基因功能研究和大豆分枝数分子改良提供了方法基础。