本发明公开了甘薯近缘野生种牵牛线粒体微卫星标记开发及在甘薯中的遗传多样性分析。本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及甘薯近缘野生种牵牛线粒体微卫星标记开发及在甘薯中的遗传多样性分析。本发明开发的甘薯的SSR分子标记引物组,包括9对引物中的至少1对,9对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑SEQ ID No.18所示。本发明的mtSSR分子标记能很好的判断甘薯品种之间的遗传多样性和亲缘关系,对于甘薯品种选择和改良具有重要指导意义。根据聚类分析的结果对甘薯品种进行选育,能为甘薯育种亲本的选择提供重要参考依据,促进甘薯新品种的选育。