本发明公开水稻耐低温相关基因及其在水稻耐低温育种中的应用。水稻耐低温相关基因CT1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。通过将水稻耐低温相关基因CT1突变后获得功能部分缺失或减弱的突变体植株，提高水稻品种的耐低温能力及在低温条件下的生长势。本发明提供的水稻耐低温相关突变基因能改良幼苗的低温耐受性，通过基因编辑技术创制该基因SEQ ID NO.1的功能部分缺失或减弱突变体植株，并筛选出耐低温、且其他农艺性状优良的株系用于育种改良，将是培育苗期耐低温品种的有效方法。
本发明公开了一种水稻类病变衰老调控基因及应用。水稻类病变衰老调控基因，命名为水稻类病变衰老调控基因LEMS3，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过图位克隆技术从水稻类病变早衰突变体lmes3中克隆控制水稻类病变衰老基因LMES3，功能互补实验证明LMES3是控制水稻衰老相关基因。通过透射电镜和光合速率，以及光反应和暗反应检测技术的观察，证明了本发明克隆的早衰基因对于水稻的生长发育，叶绿体中类囊体的完整性等均具有明显的调节作用。本发明还同时提供了上述基因的用途：利用基因工程技术可以把衰老基因的一些特异标记性状应用于水稻品种改良、产量增加和抗性筛选。
