本发明涉及海洋生物技术领域,针对产海葵毒素微生物的快速筛选方法的技术空白的问题,公开了一种产海葵毒素微生物的快速筛选方法,包括如下步骤:(1)获取菌株DNA;(2)获得DNA探针杂交液:将地高辛标记的DNA探针溶液置于沸水中后再置于冰浴中,取DNA探针溶液加入到杂交液中;(3)杂交:将DNA膜置于DNA探针杂交液中,温育杂交;将杂交后的DNA膜放置于盛有2 x SSC溶液容器内洗涤;(4)显色;(5)结果判定。将DNA探针‑菌落原位杂交方法用于产海葵毒素微生物菌株的快速筛选,通过特异性扩增的DNA探针及简单有序的操作步骤来精准的筛选出能够产海葵毒素的菌株,此方法简单高效,筛选周期短,准确度高。