本发明提供一种基于DNA条形码鉴定黑果枸杞的方法。所述鉴定黑果枸杞的DNA条形码基因序列为LRITS2(the second internal transcribed spacer,第二个核糖体RNA内转录间隔区)/LRpsbA‑trnH(叶绿体基因psbA和trnH之间的一段非编码区)。所述鉴定黑果枸杞的DNA条形码序列LRITS2/LRpsbA‑trnH可以同时应用或任选其中之一。本发明能高效、精准地鉴定黑果枸杞原料。防止类似的混淆品或伪品,同时,可用于果粉、果实碎末等的鉴定,为保障食品安全和消费者权益具有重要的应用价值和较大的社会效益。