本发明提供萝卜细胞核雄性不育突变基因Rms1及其应用,所述萝卜细胞核雄性不育突变基因Rms1,其cDNA序列如SEQ ID NO.1所示,所编码的蛋白质序列如SEQ ID NO.2所示。该萝卜雄性不育基因Rms1可通过干扰花粉细胞壁的发育,导致花粉败育产生萝卜雄性不育,该基因产生的萝卜雄性不育系败育稳定。Rms1相对于RMS1来说是等位隐性基因,当含有纯合的Rms1基因的不育系转入RMS1基因后,其育性恢复。本发明所述的基因可用于萝卜及其它十字花科作物的育种,为萝卜杂交育种提供了一个新的不育源,对萝卜及其它十字花科作物的杂交育种都具有十分重要的意义。