本发明公开了鉴定3种益母草属植物的分子标记、引物及其应用，属于植物分子鉴定技术领域。本发明分子标记包括分子标记1和/或分子标记2；分子标记1包括SEQ ID NO：1所示核苷酸序列，分别包括6个SNP位点；分子标记2包括SEQ ID NO：2所示核苷酸序列，其中包括10个SNP位点和2个InDel位点。分子标记引物包括分子标记引物3、4、5、6；其中分子标记引物3包括SEQ ID NO：3所示核苷酸序列，分子标记引物4包括SEQ ID NO：4所示核苷酸序列，分子标记引物5包括SEQ ID NO：5所示核苷酸序列，分子标记引物6包括SEQ ID NO：6所示核苷酸序列。利用本发明分子标记能够有效鉴定益母草、欧益母草和细叶益母草，进而避免三者混淆，保证用药的安全性、有效性。
本发明属于植物分子生物学和植物基因工程技术领域，具体涉及基于甘西鼠尾草转录组序列开发的EST‑SSR分子标记、引物及应用。所述EST‑SSR分子标记为9条，其序列依次如SEQ ID NO.1‑9所示，各条分子标记所对应的SSR引物序列依次如SEQ ID NO.10‑27所示。本发明提供的EST‑SSR分子标记能有效鉴定和区分不同来源甘西鼠尾草和易混淆近缘物种丹参，可应用于甘西鼠尾草及同科属植物种质资源的鉴定、亲本鉴别、遗传多样性分析评价、分子辅助育种及功能基因组分析等领域。
