本发明具体涉及一种西瓜抗病基因Cltlp3及其编码蛋白和应用,本发明西瓜抗病蛋白ClTLP3,具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列。该基因的开放阅读框具有SEQ ID NO.1所示的DNA序列。将抗病基因Cltlp3克隆到pET‑28a(+)原核表达载体上,并转化到大肠杆菌Rosetta(DE3)中进行体外表达,获得抗病蛋白。抑菌试验表明抗病蛋白ClTLP3对尖孢镰刀菌西瓜专化型、葫芦尖孢镰刀菌、茄病镰刀菌、蔓枯病菌、轮枝镰刀菌等具有显著的抑制作用。ClTLP3蛋白能够作为生防制剂用于西瓜枯萎病、根腐病、蔓枯病的防治,也可作为抗性标记用于西瓜及其砧木抗病品种的选育。