本发明公开一种鉴定玛咖的方法,该玛咖的rbcL区序列的核苷酸序列为SEQ ID NO:1,该鉴定方法步骤为:提取待检测样品的DNA作为扩增模板;使用rbcL区序列的上下游引物进行PCR扩增反应得到rbcL区序列;对扩增产物进行测序,并将序列进行匹配比对,通过核对8个位点的碱基信息从而判定待测样品是否为玛咖,相比已有专利或文献中以ITS区序列作为鉴定玛咖的依据,本发明的方法既可以有效地在分子生物学水平上对玛咖进行分子鉴定,还避免了可能发生的ITS被真菌污染的风险,同时具有操作简单、成本低廉等优点,能够实现玛咖及其近缘种以及粉末的快速、准确鉴定。