本发明公开了一组墨地龙冬瓜InDel分子标记引物及其应用,该组引物包括7个点位所对应的引物对,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.14所示;在对墨地龙冬瓜进行杂交种纯度鉴定时,首先提取待检测样品种子的基因组DNA作为模板,然后利用上述引物进行PCR扩增,最后通过电泳对扩增产物进行检测,通过对父母本与杂交种的带型进行比对,得到真杂交种数与可观测到条带的种子总数的比例,即杂交纯度。本发明提供的InDel标记可实现对亲本及杂交种的有效区别,鉴定成本低、效率高,且鉴定结果与田间鉴定结果的吻合度达99%以上。