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[发明专利]人乳头瘤病毒相关癌症的检测及分类-CN202180050446.3在审
发明人：罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫;M·赛勒斯·马厄;约翰·F·博桑;约格·布登诺;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2021-06-17 - 公布日： 2023-04-11 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本文描述的系统及方法包括检测一生物样品中HPV的存在或不存在，所述生物样品具有来自一对象的无细胞核酸及来自HPV毒株的潜在的无细胞核酸。基于所述生物样品中的HPV病毒核酸的检测，应用一基于HPV的多类分类器，所述分类器预测每种HPV相关癌症类型的评分。所述基于HPV的多类分类器在HPV阳性癌症样品的训练集上进行训练。基于所述HPV多类分类器预测的评分来确定与所述生物样品相关的HPV相关癌症。
乳头病毒相关癌症检测分类

[发明专利]用于评估纵向生物特征数据的系统和方法-CN202080094549.5在审
发明人： M·赛勒斯·马厄;亚历克斯·阿尔法尼斯;安吉拉·赖;奥利弗·克劳德·维恩;理查德·拉瓦;晶·项;约瑟夫·马库斯 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-11-25 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：提供了用于确定一测试对象是否患有一疾病状况的系统和方法。在一个方面，所述方法包括确定一测试对象的至少第一基因型数据结构和第二基因型数据结构，其由在不同时间分别从来自所述对象的第一样本和第二样本收集的数据形成。将所述第一基因型数据结构和所述第二基因型数据结构输入到所述疾病状况的一模型中，从而分别产生所述疾病状况的第一模型得分集和第二模型得分集。基于所述第一模型得分集与所述第二模型得分集之间的一差异来确定一测试δ得分集。对照多个参考δ得分集来评估所述测试δ得分集，以确定所述测试对象的所述疾病状况，其中每个参考δ得分集用于多个参考对象中的一相应参考对象。
用于评估纵向生物特征数据系统方法

[发明专利]鉴定可鉴别或指示癌症病状的甲基化模式-CN202180030453.7在审
发明人：科林·梅尔顿;厄尔·哈贝尔;奥利弗·克劳德·维恩 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2021-02-26 - 公布日： 2022-12-06 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明提供一种鉴定可鉴别或指示一癌症病状的甲基化模式的系统及方法。获得第一数据集及第二数据集。各个数据集包括多个片段甲基化模式，所述多个片段甲基化模式是通过从一第一组受试者或一第二组受试者的核酸进行甲基化测序而测定，且包括在一相应多个CpG位点中的各个CpG位点的甲基化状态。多个受试者中的各个具有一各自癌症病状况的第一状态或第二状态。为各自数据集产生第一区间图及第二区间图，各个数据集包括多个节点，其特征在于一起始甲基化位点、一结束甲基化位点、各个不同片段甲基化模式的表征及多个片段的计数。扫描第一区间图及第二区间图，以在一预定范围的CpG位点内限定满足一或多个选择标准的甲基化模式，从而鉴定可鉴别一癌症病状的甲基化模式。
鉴定鉴别指示癌症病状甲基化模式

[发明专利]使用补丁卷积神经网络的癌症分类-CN202080096315.4在审
发明人：弗吉尔·尼古拉;奥格尼恩·尼科利奇;亚苏锡·齐藤;马里斯·埃里克森;乔希·纽曼;达莉亚·菲利波娃;亚力山大·伊普;奥利弗·克劳德·维恩;约格·布登诺;刘勤文;亚历山大·P·菲尔兹 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-12-11 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：提供多种用于确定一物种的一对象的一癌症状态的方法，所述方法包括：获得片段甲基化模式的一数据集，所述片段甲基化模式通过对来自所述对象的一生物样品的核酸的一甲基化测序而确定。片段甲基化模式包括所述片段中的每个CpG位点的所述甲基化状态。补丁包括一通道，所述通道包括由所述补丁代表的所述参考基因组中一组CpG位点中的各自的CpG位点的所述甲基化状态的参数，针对所述多个片段中与所述CpG位点集比对的每个各自的片段，基于所述各自的片段的所述甲基化模式，填充所述多个参数的全部或部分的一实例来建构所述补丁。将所述补丁应用于一补丁卷积神经网络以确定所述对象的所述疾病状况。
使用补丁卷积神经网络癌症分类

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或一癌症细胞类型-CN202080022481.X在审
发明人：萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;刘勤文;简·施伦伯格;约格·布登诺;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-02-04 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种血液病症(HD)化验检测组合，用于靶向检测各种血液病症专一性的甲基化模式或变异，比如潜质未定的克隆性造血(CHIP)及血液癌症，比如白血病、淋巴瘤(例如，淋巴癌)、多发性骨髓瘤及骨髓性肿瘤。在此进一步提供者包括：设计、制造及使用用于侦测各种血液病症的所述HD化验检测组合的方法。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或一癌症细胞类型-CN202080025351.1在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;萨缪尔·S·格罗斯;刘勤文;简·施伦伯格;约格·布登诺;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;奥努尔·萨卡里亚;M·赛勒斯·马厄;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-02-05 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种癌症化验检测组合，用于靶向检测各种癌症专一性的甲基化模式。在本文中进一步提供者包括：设计、制造及使用用于侦测癌症来源组织(例如，癌症的类型)的所述癌症化验检测组合的方法。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或癌症细胞类型-CN202080023806.6在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;萨缪尔·S·格罗斯;刘勤文;简·施伦伯格;約格·布登諾;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;奥努尔·萨卡里亚;M·赛勒斯·马厄;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-01-24 - 公布日： 2021-11-30 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种癌症化验检测组合，用于靶向癌症特异性甲基化模式的侦测。本文进一步提供的方法包括设计、制作及使用癌症化验检测组合来检测癌症及特定类型的癌症。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]使用甲基化信息估计细胞来源部分的系统和方法-CN201980092387.9在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-12-18 - 公布日： 2021-11-16 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本申请公开用于确定一测试对象的一生物样本中的一细胞来源部分的多种系统和方法。多个核酸片段从所述测试对象包含无细胞核酸的一生物样本中获得。对于多个第一核酸片段中的每个核酸片段获得一甲基化状态。每个相应核酸片段被单独分配一第一分数，从而获得多个第一分数。每个相应分数代表对应核酸片段从与所述第一细胞来源相关联的一无细胞核酸分子获得的一似然性。将所述多个第一分数转换为多个第一计数，所述多个第一计数中的每个计数为对于一第一预定甲基化位点集中的一甲基化位点。使用所述多个第一计数估计所述测试对象的一第一细胞来源部分。
使用甲基化信息估计细胞来源部分系统方法

[发明专利]异常片段检测与分类-CN201980092160.4在审
发明人：萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;戈登·卡恩;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-12-20 - 公布日： 2021-09-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种用于确定来自一测试对象的一测试样本中是否存在癌症的系统和方法，所述测试样本包含一组的多个片段的脱氧核糖核酸(DNA)。所述多个片段可通过概率分析来识别，或在确定为高甲基化或低甲基化时进行识别。所述系统生成一测试特征向量，具有对于每个CpG位点用于一经训练的模型中的分数。所述分数基于所述测试样本中与所述CpG位点相重叠的所述多个片段的一数量。所述系统将所述测试特征向量输入到所述经训练的模型中。所述经训练的模型具有一函数，其基于所述测试特征向量和一分类参数组生成一癌症预测。所述测试样本的所述癌症预测可以包含对于每个癌症类型的一癌症预测值，所述癌症预测值描述所述测试样本属于一特定癌症类型的可能性。
异常片段检测分类

[发明专利]甲基化标记和标靶甲基化探针板-CN201980077666.8在审
发明人：萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;塞德梅迪·肖吉;约翰·F·博桑;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-09-27 - 公布日： 2021-08-20 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于多个癌症特异性甲基化模式的标靶检测的癌症化验板。本发明还提供了包含设计、制造和使用供诊断癌症的所述癌症化验板的多种方法。
甲基化标记探针

[发明专利]甲基化标记和标靶甲基化探针板-CN201980037495.6在审
发明人：塞缪尔·S·格罗斯;哈米德·阿米尼;阿拉什·詹姆席狄;塞德梅迪·肖吉;斯林卡·戈什;祁容素;M·赛勒斯·马厄;亚历山大·P·菲尔兹;奥利弗·克劳德·维恩 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-04-02 - 公布日： 2021-01-15 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于多个癌症特异性甲基化模式的标靶检测的癌症化验板。本发明还提供了设计、制造和使用供诊断癌症的所述癌症化验板的多种方法。
甲基化标记探针

[发明专利]用于确定在无细胞核酸中的肿瘤分数的系统及方法-CN201980037052.7在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩;厄尔·哈贝尔;奥努尔·萨卡里亚 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-04-16 - 公布日： 2021-01-12 - 主分类号： C12Q1/6827 文献下载
摘要：本发明公开多种用于确定在一受试者的一液体生物样本的无细胞核酸中的肿瘤分数的系统及方法。多个序列读值通过使用所述生物样本来获得。所述多个序列读值用于辨识对一变体集合中的每个变体的支持，从而确定在所述变体集合中的每个变体的一观察到的频率。对于在所述变体集合中的每个个别的变体，在一参考集合中获得对于所述个别的变体的一对应的参考频率，其中在所述参考集合中的每个对应的参考频率是针对从所述受试者获得的一异常实体组织样本中的一个别的变体。对照所述参考集合中的所述个别的变体的所述观察到的频率，来评估在所述变体集合中的每个个别的变体的所述观察到的频率，从而确定所述液体生物样本的无细胞核酸中的所述肿瘤分数。
用于确定细胞核酸中的肿瘤分数系统方法

[发明专利]用于癌症侦测的多重化验预测模型-CN201980034823.7在审
发明人：厄尔·哈贝尔;萨缪尔·S·格罗斯;达莉亚·菲利波娃;沈翎;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·韦弗·布罗克;张楠;塔拉·马妲拉;亚历克斯·阿尔法尼斯;刘勤文;安东·瓦卢耶夫;弗吉尔·尼古拉;理查德·T·威廉斯 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-04-15 - 公布日： 2021-01-08 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种预测性癌症模型，通过分析一个或更多个类型的特征的数值而产生对感兴趣的一个体的一癌症预测。所述特征是衍生自获得自所述个体的cfDNA。特定地，来自所述个体的cfDNA被以一个或更多个物理化验定序，以产生数个序列读数。所述物理化验的数个示例包括一小变异定序化验、全基因组定序化验及甲基化定序化验。所述数个物理化验的所述数个序列读数经由对应的计算机分析处理，以产生数个小变异特征、数个全基因组特征及数个甲基化特征中的每个。数个特征的所述数值可以被提供至产生一癌症预测的一预测性癌症模型。在一些实施例中，不同类型的数个特征的所述数值可以被分离地提供至不同的数个预测性模型中。每个分离的预测性模型可以输出一分数。所述分数可以作为进入一总体模型的输入，所述总体模型输出所述癌症预测。
用于癌症侦测多重化验预测模型

[发明专利]用于高保真测序的方法和系统-CN201780007584.7在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·蒂洛·狄尔泰 -专利权人：格瑞尔公司
申请日： 2017-01-20 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本文描述了用于高保真测序和鉴定样品中稀浓度的罕见突变的系统和方法。在多个方面，使用包括衔接子连接条件和杂合体捕获富集组的专门的文库制备技术与对照一起使用，以增加序列即用分子的产率并鉴定污染和错误且使污染和错误最小化。系统和方法还涉及使用系综和拟极大似然模型分析测序数据以区分真实变体和假阳性。
高保真测序测序数据多个方面连接条件模型分析假阳性衔接子杂合体最小化变体产率富集系综制备文库捕获污染突变

[发明专利]基于变体的疾病诊断和追踪-CN201780007871.8在审
发明人： 奥利弗·克劳德·维恩 -专利权人：格瑞尔公司
申请日： 2017-01-20 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明的方面涉及通过纵向追踪患者中的遗传变体来追踪患者健康的方法，使得可以提供肿瘤或突变分类标志。纵向追踪提高了检测微小残留病变(MRD；治疗后和/或缓解期间患者体内保留的少量细胞)和/或早期治疗响应的能力，这两者可帮助指导治疗决策和防止遗漏患者中不同的肿瘤内/肿瘤间响应。
追踪肿瘤患者健康疾病诊断微小残留遗传变体早期治疗响应变体治疗突变遗漏病变体内细胞分类缓解检测保留决策帮助

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