本发明提供用于水稻基因分型的SNP分子标记组合,由56606个SNP标记组成,所述SNP标记的编号分别为SNP1~SNP56606,它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1‑56606所示。利用本发明的SNP分子标记组合可以对水稻品种资源进行分子标记指纹分析、对杂交群体后代进行基因型鉴定、对品种真实性进行鉴定、对育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析,具有广阔的应用前景。
本发明提供用于检测水稻抗褐飞虱基因Bph3的SNP分子标记及应用。本发明公开了与水稻抗褐飞虱基因Bph3共分离及扩增效果良好的SNP标记K_040503,该标记检测水稻第4号染色体6903106位碱基,多态性为C/G。基于KASP技术开发的标记K_040503引物序列如SEQ ID No.1‑3所示。本发明的SNP分子标记检测Bph3基因位点为高特异性的位点,可便捷高效的用于鉴定水稻品种中是否含有Bph3基因。本发明提供的SNP分子标记的应用方法准确可靠,操作简便,适用于Bph3基因的鉴定及辅助选择育种。
本发明提供水稻育性恢复基因辅助育种分子标记,所述分子标记是分别与水稻育性恢复基因Rf3及Rf4共分离的SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01。标记RSRF30121检测水稻第1号染色体5606898位碱基,标记FRF4‑10‑01检测水稻第10号染色体18838172位碱基;基于KASP技术开发的标记RSRF30121的引物序列如SEQ ID NO:1‑3所示;基于KASP技术开发的标记FRF4‑10‑01的引物序列如SEQ ID NO:4‑6所示。本发明还提供SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01在水稻育性恢复基因辅助选择育种中的应用。采用本发明的标记组合能够快速鉴定水稻是否含有育性恢复基因,对促进Rf3和Rf4育性恢复基因在商业化育种中的应用具有重要意义。
本发明涉及分子标记,具体公开了一种与白叶枯病抗性基因紧密连锁的SNP分子标记K_060569,其序列如SEQ ID No.1所示,第61bp位点处的碱基为C或G。本发明进一步提供了利用KASP反应可高通量的对水稻材料进行Xa7抗性基因检测的引物组合,及所述分子标记和所述引物组合在检测白叶枯病抗性基因Xa7和在水稻抗病性辅助育种中的应用。本发明应用KASP技术对所寻找到的SNP分子标记进行基因分型,可以快速、精确的检测Xa7基因,大幅提高基因转育的效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等,操作简便,利于高通量快速检测,彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染、甲醛对人体的危害。
本发明涉及分子标记,具体公开了一种与白叶枯病抗性基因紧密连锁的SNP分子标记K_060570,其序列如SEQ ID No.2所示,第61bp位点处的碱基为G或A。本发明进一步提供了利用KASP反应可高通量的对水稻材料进行Xa7抗性基因检测的引物组合,及所述分子标记和所述引物组合在检测白叶枯病抗性基因Xa7和在水稻抗病性辅助育种中的应用。本发明应用KASP技术对所寻找到的SNP分子标记进行基因分型,可以快速、精确的检测Xa7基因,大幅提高基因转育的效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等,操作简便,利于高通量快速检测,彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染、甲醛对人体的危害。
本发明提供用于玉米基因分型的SNP分子标记组合,由448个SNP标记组成,所述SNP标记的编号分别为ZmSNP001~ZmSNP448,它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1‑448所示。利用本发明的SNP分子标记组合可以对玉米品种资源进行分子标记指纹分析、对杂交群体后代进行基因型鉴定、对品种真实性进行鉴定、对育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析,具有广阔的应用前景。
本发明涉及水稻镉低积累基因OsHMA3的SNP分子标记,该SNP标记检测位点为水稻第7号染色体第7431781位碱基。本发明还提供了用于检测该SNP标记的引物组合和方法,所述引物组合的序列如SEQ ID NO.2‑4所示。本发明具有如下优点:(1)本发明的SNP分子标记可用于水稻未结实之前预测水稻籽粒镉含量高低,可进行准确地筛选,显著促进水稻低镉含量品种的培育。(2)检测方法准确可靠,操作简便。(3)水稻OsHMA3基因的SNP位点的检出,为水稻籽粒低镉含量品种选育或改良提供了科学依据。