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[发明专利] 一种配对互作基因检测方法及预测模型 -CN201710500075.X 在审
发明人：
陈渊 ;袁哲明 ;杨晶晶 ;谭泗桥 ;邢鹏伟
- 专利权人：
湖南农业大学
申请日：
2017-06-27
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公布日：
2017-10-24
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主分类号：
G06F19/20 文献下载
摘要： 本发明公开了一种配对互作基因检测方法及预测模型，检测方法包括以下步骤对给定的数据集{Yi,Xij}，首先对每个基因表达值进行秩规格化，得到规格化后的数据矩阵{Yi,Rij}，即对于任一基因j，将其表达值按从小到大顺序排列，然后用每个表达值的排列位置代替初始表达值；对任意两个基因p和基因q采用abs模式进行转换，获得转换后的数据集{Yi,Zis}；abs模式Zis＝|Rip–Riq|；其中i＝1,2,…,n；p＝1,2,…,m；q＝1,2,…,m；p≠q；s＝1,2,…,m(m‑1)/2；n为数据集中的样本数，m为数据集中的基因数；计算每个变量Zis与表型Yi之间的t值，根据t值判断两个基因之间的互作效应。本发明可有效提高模型预测精度。一种 配对 基因 检测 方法 预测 模型
[发明专利] 一种全基因组测序数据计算解读方法 -CN201710362124.8 在审
发明人：
宋卓 ;刘蓬侠 ;李根
- 专利权人：
人和未来生物科技（长沙）有限公司
申请日：
2017-05-22
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公布日：
2017-09-22
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主分类号：
G06F19/20 文献下载
摘要： 本发明公开了一种全基因组测序数据计算解读方法，实施步骤包括输入用于全基因组测序的参考全基因组数据、原始测序样本数据并进行预处理；由CPU调用FPGA加速将测序样本可靠数据和带索引的参考全基因组数据进行比对，得到具有重复标志、带索引的比对结果；由CPU调用FPGA和GPU加速对测序样本可靠数据进行基因组重新装配，并对具有重复标志、带索引的比对结果进行变异识别发现；由CPU调用GPU和DSP加速进行可视化处理，并基于可视化处理结果由CPU调用FPGA上硬件实现的深度学习模型进行全基因组及变异功能的分析和挖掘。本发明能够综合利用GPU、DSP、FPGA处理器进行加速，具有快速实时、精准深入、通俗易懂、形式多样的优点。一种 基因组 序数 计算 解读 方法
[发明专利] 基于RIL群体的扩展三向测交设计QTL作图法 -CN201710346769.2 在审
发明人：
李兰芝 ;孙丛苇
- 专利权人：
湖南农业大学
申请日：
2017-05-17
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公布日：
2017-09-15
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主分类号：
G06F19/20 文献下载
摘要： 一种基于扩展TTC设计的QTL作图法，其是以重组自交系RIL群体为基础群体，根据在F∞尺度下的RIL、L1i、L2i和L4i的遗传期望值推测出RIL‑based aTTC设计下的Z1i、Z2i和Z4i的遗传期望值，再根据Z1i、Z2i和Z4i的遗传期望值对Z1i、Z2i和Z4i的表型值表示公式进行简化，然后引入贝叶斯方法对全基因组进行二维扫描，分两步获得该遗传模型中各QTL位点的各种纯主效应和上位性效应。相对TTC设计，本aTTC设计QTL作图法能减少一次杂交工作量，即省去基础群体RIL与F1代杂交，构建测交群体L3i群体的过程。对于田间工作，大大节省了人力物力；且并未降低QTL定位和各遗传效应估计的统计效率。基于 ril 群体 扩展 设计 qtl 作图
[发明专利] 一种复杂数据预测模型的构建方法 -CN201610900487.8 在审
发明人：
赵乐平
- 专利权人：
赵乐平
申请日：
2016-10-14
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公布日：
2017-08-08
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主分类号：
G06F19/20 文献下载
摘要： 本发明提供了一种复杂数据预测模型的构建方法，包括步骤A、获取一高维组学数据HDOD，确定出对于所述HDOD具有代表性的一组数据对象作为范例；B、确定出所述HDOD中每个数据对象与每个所述范例的相似性度量，并据此构建数据对象与范例的相似性度量矩阵；C、由所述数据对象与范例的相似性度量矩阵，通过惩罚似然法从所述范例中选出包含信息的范例；D、基于所选出的范例构建预测模型。由上，本发明方法提供了一种天然量化工具来发现和验证复杂的变量之间的相互作用。本发明的预测模型很适合于通过基于相似性的搜索应用到大型数据库。一种 复杂 数据 预测 模型 构建 方法
