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[发明专利]联合Memetic算法和S系统的生物模体重构方法-CN201710557453.8在审
发明人：叶倩 -专利权人：无锡职业技术学院
申请日： 2017-07-10 - 公布日： 2017-11-07 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种联合Memetic算法和S系统的生物模体重构方法，该方法包括如下步骤（1）生成数据；（2）编码；（3）产生初始群体；（4）交叉；（5）变异；（6）计算适应度函数；（7）选择；（8）局部搜索；（9）寻全局最优值。优点本发明以基因表达响应输出估计标准差为适应度函数，通过个体间的交叉和变异增加了粒子的多样性，利用个体的择优选取和局部搜索来提高优化搜索效率，综合考虑计算复杂度等方面性能，以获得生物模体加权矩阵模体的全局最优结构；在保证较高收敛性能的基础上，提高全局搜索能力，获得高质量的解，以推测出与实验数据最符合的基因模体结构。
联合 memetic 算法系统生物体重方法

[发明专利]一种用于筛选环境敏感性生物分子的方法-CN201510532046.2有效
发明人：赵磊;宓东;孙野青 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2015-08-26 - 公布日： 2017-10-24 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于环境敏感性生物分子的筛选方法，包括以下步骤组学数据加载和标准化处理，计算特征的四分位距和设定阈值，利用此阈值进行四分位距算法过滤，得到差异表达特征，然后，用方差分析算法对标准化后的数据集进行过滤，得到差异表达特征。结合以上两种算法，匹配共同差异表达变化的特征，进行随机森林算法排序，得到重要性的差异表达特征。在此基础上，通过聚类分析，确定环境敏感的分子标志物。本发明提供的用于筛选环境敏感的分子标志物组合算法，降低了计算时间、提高了准确性，给出了特征的重要性排序，为生物学家快速定位到环境敏感的靶分子，揭示生物的响应机理，进行早期预警和防治，提供了高效便捷的数据处理工具。
一种用于筛选环境敏感性生物分子方法

[发明专利]基于生物医学文献的蛋白质交互关系数据库构建方法-CN201510617020.8有效
发明人：李丽双;郑洁琼;秦美越;蒋振超 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2015-09-24 - 公布日： 2017-10-13 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于生物医学文献的蛋白质交互关系数据库构建方法，属于自然语言处理领域。蛋白质交互关系数据库构建方法如下基于词表示方法的生物医学命名实体识别功能；整合多种有效方法的多阶段蛋白质名称标准化功能；基于多种方法融合的指代消解功能；基于词表示的蛋白质交互关系抽取功能以及基于B/S模式的提供图形交互界面的在线系统和蛋白质交互关系数据库。使用本发明可以对用户待解析的生物医学文本进行生物医学命名实体的识别、标准化、指代消解和蛋白质交互关系的自动抽取；本发明为用户提供蛋白质交互关系数据检索的服务和蛋白质交互关系数据库。
基于生物医学文献蛋白质交互关系数据库构建方法

[发明专利]一种基于集群式GPU加速的荧光蒙特卡罗模拟方法-CN201410534214.7有效
发明人：骆清铭;邓勇;罗召洋;江旭 -专利权人：华中科技大学
申请日： 2014-10-11 - 公布日： 2017-09-22 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于集群式GPU加速的荧光蒙特卡罗方法，能同时模拟多个源，大大节省了模拟光子在生物组织中传输的时间，考虑了组织中荧光团对激发光的吸收作用，分别追踪了生物组织内激发光和荧光的光子传输。该方法精度高，能够获取真实生物组织中的光传输信息，这些丰富的信息为光学成像系统的优化提供了依据，为光诊断和光治疗提供了精确的指导信息。
一种基于集群 gpu 加速荧光蒙特卡罗模拟方法

[发明专利]基于模型的qPCR的系统和方法-CN201180027423.7有效
发明人：华莱士·R·乔治 -专利权人：生命技术公司
申请日： 2011-04-11 - 公布日： 2017-09-22 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明提供了确定PCR扩增曲线循环阈值的方法。该方法包括接收用于PCR扩增反应的多个生物样品的数据集。数据集包括多条扩增曲线，每条扩增曲线都与多个生物样品中的一个生物样品相关。该方法还包括实施非线性优化，其包含每条扩增曲线与其互补模型化扩增曲线的拟合以确定模型化效率曲线和相关扩增曲线的最佳拟合参数集。模型化扩增曲线基于模型效率曲线。该方法包括基于模型化效率曲线与模型化扩增曲线的互补关系确定每个生物样品的循环阈值。
基于模型 qpcr 系统方法

[发明专利]一种在腔衰荡技术中筛选信号数据点及修正拟合结果的方法-CN201510002683.9有效
发明人：何星;栾银森;董理治;杨平;许冰 -专利权人：中国科学院光电技术研究所
申请日： 2015-01-04 - 公布日： 2017-08-25 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种在腔衰荡技术中筛选信号数据点及修正拟合结果的方法，通过预先采集系统噪声并计算系统响应时间(也称为上升时间)，构建腔衰荡信号模型，根据信号模型计算系统噪声和响应时间对腔衰荡信号中各个数据点在线性化过程中造成的偏移误差的近似值，筛选偏移误差近似值小于预设阈值的数据点进行线性最小二乘拟合。在拟合过程中利用偏移误差近似值对拟合结果进行修正，以取得更高精度的结果。本方法能在提高线性拟合算法拟合精度的基础上，通过数据点筛选进一步提高算法执行速度，是一种快速、高效的数据点筛选和结果修正方法。
一种腔衰荡技术筛选号数据点修正拟合结果方法

[发明专利]基于细胞的探询式分析及其应用-CN201280020865.3有效
发明人： N·R·纳莱恩;R·萨兰加拉简;V·K·维什纽达斯 -专利权人：博格有限责任公司
申请日： 2012-03-02 - 公布日： 2017-08-25 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本文描述的是一个用于通过建模来分析生物系统或过程(例如，疾病状态，如癌症)的发现平台技术。特别是，本文描述了一种用于识别生物系统的调节子的方法，其通过建立用于该生物系统的模型，从用于该生物系统的模型获得第一数据集，从用于该生物系统的模型获得第二数据集和通过使用编程的计算设备仅基于第一个数据集和第二数据集生成多个基因的表达水平与功能活性或细胞反应之间的一致因果关系网络。
基于细胞探询分析及其应用

[发明专利]一种基于SAXS的蛋白质与表面活性剂复合物模型及解析方法-CN201710227978.5在审
发明人：孙洋;简.斯科夫.彼得森;克里斯蒂亚诺.奥利维拉 -专利权人：湖北文理学院
申请日： 2017-04-10 - 公布日： 2017-08-04 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：一种基于SAXS的蛋白质与表面活性剂复合物模型解析方法，根据SAXS不同粒子的形状因子及散射强度通过本发明中公式计算，采用具有普适性的受限自动化SAXS曲线拟合方法，在绝对尺度和体系真实浓度下，计算蛋白质与表面活性剂单体与聚集体复合物结构参数；通过调整体系表面活性剂物理化学参数及浓度、蛋白质浓度等逆向对散射曲线拟合结果调整，获取并解析不同类型表面活性剂与蛋白质复合物单体结构理论模型；同时在计算公式中加入胶团数量和胶团间距离等参数，计算和分析聚集态复合物结构参数和理论模型特征。本发明所提出的解析方法具有原位、无损、无需纯化和单分散蛋白样品来解析蛋白质与表面活性剂复合物结构的特点，应用广泛。
一种基于 saxs 蛋白质表面活性剂复合物模型解析方法

[发明专利]一种DNA甲基化芯片数据的扩展方法-CN201710197694.6在审
发明人：邹见效;许杰;凡时财;何建;徐红兵 -专利权人：电子科技大学
申请日： 2017-03-29 - 公布日： 2017-07-25 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种DNA甲基化芯片数据的扩展方法，通过预测DNA甲基化芯片未覆盖的CpG位点来实现DNA甲基化芯片数据的扩展。具体的讲，对于待预测的CpG位点，先基于DNA甲基化芯片测得的数据和其他具有相似性组织的全基因组亚硫酸盐测序数据提取特征，再结合待预测位点自身全基因组亚硫酸盐测序法测得的甲基化值训练Logistic回归模型，最后使用训练好的回归模型对新数据进行预测。
一种 dna 甲基化芯片数据扩展方法

[发明专利]一种适用于木聚糖酶氨基酸相互作用网络聚类的S‑FCM算法-CN201710177641.8有效
发明人：丁彦蕊;饶榕 -专利权人：江南大学
申请日： 2017-03-23 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于木聚糖酶氨基酸相互作用网络聚类的S‑FCM算法，属于计算机应用技术领域。本发明方法针对FCM算法的参数依赖性强和对初始聚类中心敏感的缺陷作出改进。S‑FCM算法首先引入了基于密度的数据预处理方法，使其可以根据输入的木聚糖酶氨基酸相互作用网络自身的密度特性来获取初始聚类中心以及分类数目，保证聚类结果的可靠性。其次，考虑氨基酸的序列特征对聚类结果的影响，在距离特征的基础上加入了氨基酸的序列特征，这提高了聚类的精确度。本发明方法在FCM算法的基础上，针对该算法的一些缺陷做出改进，并对木聚糖酶氨基酸相互作用网络进行聚类，为从社团的角度研究蛋白质的稳定性提供了一个新的途径。
一种适用于聚糖氨基酸相互作用网络 fcm 算法

[发明专利]一种三方网络资源传播方法-CN201710133230.9在审
发明人：时媛媛;周杰 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2017-03-08 - 公布日： 2017-07-07 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种三方网络资源传播方法。将其应用于生物信息学里，环境因素和长非编码RNA关联关系的研究过程中。通过结合lncRNAs‑miRNAs和miRNAs‑EFs关联网络与网络内的资源转移，本发明提出一种基于网络的推理方法来推断lncRNAs和EFs之间的潜在关联。本发明实验分析结果表明，与其他提出的方法，本发明能够预测更可靠的lncRNAs和EFs关系。这些结果证明了我们的方法预测生物学上显着的关联的能力，这可以导致更好地理解分子过程。
一种网络资源传播方法

[发明专利]一种工厂化水产养殖池中不同微生物群落相互影响的量化分析方法-CN201710041344.0在审
发明人：姜敬哲;赵旺;王江勇;刘广锋;姚托 -专利权人：中国水产科学研究院南海水产研究所
申请日： 2017-01-20 - 公布日： 2017-07-04 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开一种工厂化水产养殖池中不同微生物群落相互影响的量化分析方法，步骤如下(1)自养殖开始，进行多次定期采集养殖池的水生生态系统中的水体、消费者和食物的样品，分别检测水体、食物和养殖动物体内微生物种类和丰度数据；(2)根据所得的各样品的微生物种类和丰度数据，分析各次取样的水体、消费者和食物样品间的共有微生物情况，获得每个样品微生物与影响因素之间的影响力指数I；(3)根据获得的每个样品微生物与影响因素之间的影响力指数I获得影响因素对样品微生物影响的影响力百分比I％，以影响力百分比为纵坐标，时间为横坐标建立水体、消费者和食物随时间变化的影响变化关系图，用于解读水生生态系统中不同微生物群落间的动态变化关系。
一种工厂水产养殖不同微生物群落相互影响量化分析方法

[发明专利]一种基于三维定量构效关系模型的一致性模型构建方法-CN201510162139.0有效
发明人：谭建军;张一平;门婧睿 -专利权人：北京工业大学
申请日： 2015-04-08 - 公布日： 2017-06-16 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明涉及三维定量构效关系模型的构建方法，具体涉及以HIV‑1抑制剂分子为基础的三维定量构效关系模型的建立及一致性模型构建，属于生物信息技术领域。本发明选用HIV‑1抑制剂分子进行3D‑QSAR及一致性模型研究，目的在于挖掘抑制剂的结构与其抗HIV活性的关系。本发明方法是基于抑制剂的化学特征(如亲水、疏水、静电、极性、三维结构等)建立数学模型来预测具有类似结构化合物的生物活性。本发明的一致性模型在三种3D‑QSAR模型的基础上采用统计学方法构建，旨在进一步提高模型的预测能力。本发明所获得的模型可以更好地预测化合物的抗HIV活性，提高预测全新化合物抑制HIV活性的准确度，和其他方法相比提高了药物发现的效率，降低了药物发现的成本。
一种基于三维定量关系模型一致性构建方法

[发明专利]一种同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型的构建方法-CN201410013164.8有效
发明人：姜立波;邬荣领;冯思思 -专利权人：北京林业大学
申请日： 2014-01-10 - 公布日： 2017-06-13 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明提供一种同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型的构建方法，包括对来自自然群体中一组同源四倍体植物，设置一个位点A和一个位点B；两个位点产生16单倍型，且分别都具有35种基因型,但在遗传上每个位点能够识别的四倍体基因型有只有15种，因此两个位点共产生225种基因型；从所述自然群体中随机抽取n个同源四倍体个体，得到不同基因型个体数量；根据单体型频率计算相应的配子频率，并根据配子频率计算计算相应的基因型频率；计算基因型频率；计算单倍型基因频率；通过单倍型基因频率获取两个位点的等位基因的估算频率；通过单倍型基因频率计算每两个位点间的连锁不平衡系数；然后进行验证。
一种同源四倍体自然群体连锁不平衡分析模型构建方法

[发明专利]葡萄糖酸钠发酵工业装置模型的建模方法-CN201611070692.2在审
发明人：颜学峰;王鑫超;庄英萍;郭美锦;钱江潮 -专利权人：华东理工大学
申请日： 2016-11-29 - 公布日： 2017-05-31 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种葡萄糖酸钠发酵工业装置模型的建模方法。通过广义的化学计量反应方程组，利用酶反应动力学中的幂级数结构建立各反应因素与各步反应的速率常数和得率系数的状态方程组，并直接基于工业装置生产数据，寻优求得该模型的回归系数，建立能良好描述工业装置特性的模型。本发明避免了对反应机理以及工业装置的特性认识不足，通过广义的化学计量反应矩阵和幂级数的结构形式，可以描述各反应因素对发酵反应过程的复杂影响，直接基于工业装置生产数据来建立工业装置模型，避免了通过耗时、花费巨大的实验装置测试建立发酵过程的非构造式经验模型。实验结果表明，所建立的工业装置模型具有良好的预测精度，完全能满足工业装置应用需求，具有很高的工业应用价值。
葡萄糖发酵工业装置模型建模方法