[发明专利]豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用

说明书

本发明提供了一种豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用，包括6个SNP位点，各SNP位点前后碱基片段的序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.6所示。本发明提供的SNP分子标记可用于豹纹鳃棘鲈分子标记辅助育种，加快选育抗病豹纹鳃棘鲈品种，为豹纹鳃棘鲈的抗病选育工作提供参考依据。

技术领域

本发明属于水产生物育种领域，特别涉及豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用。

背景技术

豹纹鳃棘鲈( Plectropomus leopardus)，属鲈形目，鮨科，石斑鱼亚科，鳃棘鲈属，俗称东星斑。我国海南具有适合豹纹鳃棘鲈生长的优越自然条件，其养殖产业发展迅速，目前已经进行养殖和人工育苗，苗种供不应求。

近几年，在石斑鱼养殖过程中发现病毒性神经坏死病危害严重，病毒性神经坏死病是由神经坏死病毒（nervous necrosis viral，NNV）感染所致，对石斑鱼危害最大的是赤点石斑神经坏死病毒基因型（Red spotted grouper NNV，RGNNV）。病毒主要影响石斑鱼苗种生产期的仔鱼和幼鱼，造成鱼脑和视网膜坏死和空泡化，继而发病使鱼苗死亡，发病时症状为厌食，眼球突出，鱼体失去平衡，侧身打转或不规则泳动等，感染死亡率在90％以上，最严重时可导致养殖鱼苗在一周内全部死亡，严重影响东星斑的产量。

目前对于神经坏死病毒没有有效的治疗方法，因此，开展抗病品种的培育，从而提高豹纹鳃棘鲈产量是较为经济有效的方式。SNP是指基因组中单个核苷酸的变异，是遗传变异的最常见形式之一。SNP位点的研究可以揭示不同个体之间的遗传差异，为遗传性状的研究提供重要的基础。在豹纹鳃棘鲈中，研究SNP位点与抗NNV性状的相关性，可以为豹纹鳃棘鲈的抗病育种提供重要的理论依据。因此，研究豹纹鳃棘鲈抗NNV的相关SNP位点，对于豹纹鳃棘鲈的养殖和疾病防控具有重要意义。目前，研究者已经鉴定出一些与石斑鱼抗NNV相关的SNP位点，但与豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点未见报道。

发明内容

鉴于现有技术的不足，本发明提供豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点及其应用，通过对抗性和易感豹纹鳃棘鲈幼鱼进行全基因组重测序并通过全基因组关联分析找出影响抗病的关键基因，获得具有育种价值的SNP分子标记。本发明方法鉴定出豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点，挖掘相关的候选基因，可以为培育抗病优质的石斑鱼品种提供技术支撑。

本发明技术方案如下：

本发明的目的之一是提供一种豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点，包括6个SNP位点，各位点信息为：

第1 SNP位点位于SEQ ID NO .1所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；

第2 SNP位点位于SEQ ID NO .2所示序列的第300位，其中第300位的碱基r是a（腺嘌呤）或g（鸟嘌呤）；

第3 SNP位点位于SEQ ID NO .3所示序列的第300位，其中第300位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；

第4 SNP位点位于SEQ ID NO .4所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；

第5 SNP位点位于SEQ ID NO .5所示序列的第301位，其中第301位的碱基k是t（胸腺嘧啶）或g（鸟嘌呤）；

第6 SNP位点位于SEQ ID NO .6所示序列的第301位，其中第301位的碱基s是c（胞嘧啶）或g（鸟嘌呤）。

进一步说明：