[发明专利]用于诊断膀胱癌的方法

说明书

本申请涉及用于诊断膀胱癌的方法。提供了用于基于在选择的基因组基因座处DNA甲基化的改变鉴定受试者中的膀胱癌的方法和试剂盒。

本申请是申请日为2016年07月05日，申请号为201680030605.2，发明名称为“用于诊断膀胱癌的方法”的申请的分案申请。

发明领域

本发明涉及用于通过分析源自受试者的生物样品鉴定所述受试者中的膀胱癌的方法。更具体地，本发明涉及通过分析来自尿样品的DNA鉴定膀胱癌。该方法基于正常和膀胱癌DNA之间DNA甲基化的差异。

发明背景

膀胱癌是由膀胱中的细胞引起的癌症。大多数膀胱癌是由膀胱内衬中的上皮细胞(尿路上皮)引起的移行细胞癌。其他类型的膀胱癌包括鳞状细胞癌、腺癌、肉瘤和小细胞癌。

膀胱癌的诊断通常通过膀胱镜检查进行，在膀胱镜检查中使用内窥镜(膀胱镜)对膀胱可视地检查。活组织检查物通常取自疑似异常的区域，来检查任何癌性细胞的存在。

膀胱癌的诊断中采用的另一种方法是尿细胞学，其中在显微镜下分析尿样品以检测癌细胞的存在。多种成像方法诸如X-射线和计算机断层扫描(CT)已经被采用，用于诊断膀胱癌，该多种成像方法中的一些涉及静脉注射染料，以使得检查的组织能够可视化。

在最近几年，用于膀胱癌的另外的诊断手段已变得可用，诸如尿抗原测试和用于检测尿样品中的染色体异常的测定(UroVysion^TM)。

目前可用的方法具有很多缺点，因为它们中的一些是侵入性的、费力且耗时的，并且一些方法不够灵敏和特异。另外，通过病理学检查的诊断人工地进行并且因此是主观的。主观结果是有问题的，因为在由不同病理学家并且甚至由相同病理学家在不同时间分析的相同样品的结果之间可以存在差异。

属于本发明的申请人的WO 2011/001274和WO 2011/070441，分别公开了基于特定基因组基因座之间的信号比率的鉴定来自天然来源的DNA的方法，以及将DNA样品分类成不同类型的组织的方法。

对于用于以高特异性和高灵敏度诊断有相应需要的受试者中的膀胱癌而不要求良好训练的病理学家的改进的方法和试剂盒存在未被满足的需要。对客观、不依赖使用者的诊断方法也存在需要。

发明概述

根据一些方面，本发明提供了用于通过分析来自尿样品的DNA鉴定有相应需要的受试者中的膀胱癌的方法和试剂盒。本发明的方法和试剂盒基于在正常DNA和膀胱癌DNA之间在选择的基因组基因座处的甲基化差异。

更具体地，本发明的方法和试剂盒利用一组基因组基因座，该组基因组基因座被出乎意料地发现在源自膀胱癌的DNA中被高度甲基化并且在源自健康膀胱组织的DNA中未被高度甲基化，并且从而可以用于确定给定的DNA样品是来自膀胱癌患者还是来自健康受试者。

出乎意料地，本发明的方法和试剂盒显示出与细胞学相比具有较高的灵敏度，具有至少90％的总灵敏度(不区分膀胱癌级别或阶段)，在侵袭性肿瘤中100％的灵敏度以及在非侵袭性肿瘤中至少89％的灵敏度。

根据本发明的方法和试剂盒，用至少一种甲基化敏感性限制性酶消化来自测试的受试者的尿样品的DNA，只有在DNA未被甲基化时该甲基化敏感性限制性酶才裂解其识别序列。本文公开的被称为“限制性基因座”的基因组基因座的组包括至少一种甲基化敏感性限制性酶的识别序列，并且因此根据其甲基化水平而被切割(消化)，其中较高程度的甲基化导致较少的酶消化。出乎意料地，来自健康个体的DNA样品在本文公开的基因组基因座的组处比来自癌症患者的DNA样品更彻底地被切割。因此，在其中本发明的限制性基因座被高度甲基化的DNA样品和其中这些基因座具有低甲基化水平的DNA样品之间消化效率的差异，在随后的扩增步骤和定量步骤中确立了不同的扩增模式。出乎意料地，扩增模式的差异允许区分来自膀胱癌组织的DNA和来自正常膀胱组织的DNA。