[发明专利]一种低质量FFPE DNA的处理方法在审
| 申请号： | 202310362794.5 | 申请日： | 2023-04-07 |
| 公开（公告）号： | CN116478982A | 公开（公告）日： | 2023-07-25 |
| 发明（设计）人： | 郭永华;林晓煜;陈满足;施伟杰;王婧;金保雷;张林华;张吓妹;阮力;罗捷敏;郑立谋 | 申请（专利权）人： | 厦门艾德生物医药科技股份有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 厦门市首创君合专利事务所有限公司 35204 | 代理人： | 姜谧 |
| 地址： | 361000 福*** | 国省代码： | 福建;35 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 质量 ffpe dna 处理 方法 | ||
1.一种低质量FFPE DNA的处理方法，其特征在于：包括如下步骤：
(1)将提取自FFPE样本的DNA与热修复试剂混合，进行热修复，该热修复试剂包括用于提取核酸的裂解液和蛋白酶K；
(2)将步骤(1)所得物料进行纯化，以去除其中未反应的热修复试剂，获得热修复DNA；
(3)将上述热修复DNA与酶修复试剂混合，进行酶修复，该酶修复试剂具有脱氨基修复、缺刻修复、氧化碱基修复和3’端封闭修复的功能；
(4)将步骤(3)所得物料进行纯化，以去除其中未反应的酶修复试剂，即得。
2.如权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述热修复试剂由Qiagen核酸提取试剂中的裂解液和蛋白酶K组成。
3.如权利要求2所述的处理方法，其特征在于：所述热修复试剂由Qiagen QIAamp DSPDNA FFPE Tissue Kit中的Buffer ATL和Proteinase K组成。
4.如权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述酶修复试剂来自NEB的FFPE DNARepair Mix、NEB的NEB Next FFPE DNA Repair v2 Module或翌圣生物的Hieff NGS FFPEDNA Repair Reagent。
5.如权利要求4所述的处理方法，其特征在于：所述酶修复试剂为NEB的NEB Next FFPEDNA Repair v2 Module中的FFPE DNA Repair Buffer v2和NEB Next FFPE DNA RepairMix v2组成。
6.如权利要求1所述的处理方法，其特征在于：所述步骤(2)和(4)中的纯化的方法为磁珠法、硅胶层析柱法、渗透液结合醇沉纯化法、直接沉淀纯化或凝胶回收纯化。
7.如权利要求6所述的处理方法，其特征在于：所述磁珠法中的磁珠试剂为Beckman的Ampure XP和为度的CleanNGS中的至少一种。
8.如权利要求7所述的处理方法，其特征在于：所述步骤(2)中，所述磁珠试剂与所述步骤(1)所得物料的体积比为0.8-2.0:1。
9.如权利要求7所述的处理方法，其特征在于：所述步骤(4)中，所述磁珠试剂与所述步骤(2)所得物料的体积比为0.8-2.0:1。
10.如权利要求1至9中任一权利要求所述的处理方法，其特征在于：所述热修复的程序为：95-98℃，3-15h。
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