[发明专利]一种检测结核分枝杆菌耐药基因的引物组合物及其应用

权利要求书

1.一种引物组合物，其包含第一引物组合和第二引物组合，其中，所述第一引物组合包含：SEQ ID NO.1～392所示的引物，所述第二引物组合包含SEQ ID NO.393～784所示的引物。

2.一种结核分枝杆菌药物耐受基因检测试剂盒，其包括权利要求1所述的引物组合物。

3.权利要求1所述的引物组合物或权利要求2所述的试剂盒用于检测结核分枝杆菌药物耐受基因和/或其任意突变的用途。

4.根据权利要求3所述的用途，其中所述结核分枝杆菌药物包括利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、左氧/莫西沙星、贝达喹啉、利奈唑胺、氯法齐明、环丝氨酸、德拉马尼、阿米卡星、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸的至少一种。

5.根据权利要求3所述的用途，其中，所述结核分枝杆菌药物耐受基因包括ald、alr、atpE、cycA、ddl、ddn、dfrA、eis、embA、embB、embC、embR、ethA、ethR、fbiA、fbiB、fbiC、fgd1、folC、gid、gyrA、gyrB、inhA、katG、panD、pepQ、pncA、ponA1、ribD、rplC、rpoA、rpoB、rpoC、rpsA、rpsL、rrl、rrs、Rv0678、Rv1979c、aftA、thyA、thyX、tlyA、ubiA、whiB7基因的至少一种；优选包括所述基因的全部。

6.一种检测样品中结核分枝杆菌药物耐受基因和/或其任意突变的方法，其包括：

1)提取所述样品中的DNA；

2)采用权利要求1所述的引物组合物或权利要求2所述的试剂盒，以所述DNA为模板进行多重PCR扩增；

3)将获得的扩增产物进行测序和序列比对，以获得结核分枝杆菌药物耐受基因和/或其突变的信息；

优选地，所述测序为二代测序。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述样品选自痰液、肺泡灌洗液、血液、组织、细菌培养物的至少一种。

8.根据权利要求6所述的方法，其中步骤2)中，所述的多重PCR扩增包括采用所述引物组合物中的第一引物组和第二引物组，分别以所述DNA为模板进行多重PCR扩增，并包括将扩增产物进行合并。

9.根据权利要求6所述的方法，其中所述多重PCR扩增反应的温度条件依次为：

(1)93℃～97℃保持3～4mins；

(2)97℃～99℃保持15～25s，58℃～62℃保持3～7min，依次进行18～22个循环；

(3)71℃～73℃保持4～6min。

10.根据权利要求6所述的方法，其中步骤3)测序之前，还包括将获得的扩增产物进行纯化的步骤；优选地，所述纯化为磁珠纯化。