[发明专利]一种RNA-DNA嵌合接头及其应用

权利要求书

1.一种用于表征靶多核苷酸的嵌合接头，其特征在于，所述嵌合接头包含三段核酸：核酸A、核酸B和核酸C；

核酸A是DNA，从5’到3’包含四段区域a4、a1、a2、a3；a1为引导区区域，同时与核酸C的RNA片段结合、封阻多核苷酸结合蛋白的结合；a2为多核苷酸结合蛋白结合和阻滞区区域；a3为形成互补双链区区域，同时与靶多核苷酸连接；a4为引导区a1的补充区域；

核酸B是DNA，包含b3区域，5’端含有磷酸化，b3为与核酸A中的a3区域形成互补的区域；

核酸C为RNA，包含c1区域，c1为与核酸A中的a1区域形成互补的区域。

2.根据权利要求1所述的嵌合接头，其特征在于，

核酸A的a2区域中还包含阻滞化合物Cy3。

3.根据权利要求1或2所述的嵌合接头，其特征在于，

核酸A中，a1的序列如SEQ ID NO2所示，

和/或，a2的序列如SEQ ID NO3所示，

和/或，a3的序列如SEQ ID NO4所示，

和/或，a4的序列如SEQ ID NO5所示。

4.根据权利要求1-3任一项中所述的嵌合接头，其特征在于，

核酸A的序列如SEQ ID NO1所示；

和/或，核酸B的序列如SEQ ID NO6所示；

和/或，核酸C的序列如SEQ ID NO7所示。

5.根据权利要求1-4任一项中所述的嵌合接头，其特征在于，

嵌合接头的序列如SEQ ID NO1、SEQ ID NO6和SEQ ID NO7所示。

6.根据权利要求1-5任一项中所述的嵌合接头，其特征在于，

所述靶多核苷酸是完全双链多核苷酸、部分双链多核苷酸或单链多核苷酸。

7.一种用于表征靶多核苷酸的复合物，其特征在于，所述复合物包含多核苷酸结合蛋白和权利要求1-6任一项中所述的嵌合接头。

8.根据权利要求7所述的复合物，其特征在于，

所述多核苷酸结合蛋白衍生自多核苷酸处理酶；优选地，所述多核苷酸处理酶选自聚合酶、解旋酶或核酸外切酶；更优选地，所述多核苷酸处理酶为解旋酶；最优选地，解旋酶为T4 Dda解旋酶(E94C/C109A/C136A/A360C)。

9.根据权利要求7或8所述的复合物，其特征在于，

用于表征靶多核苷酸的复合物只结合单个多核苷酸结合蛋白。

10.权利要求7-9任一项中所述的用于表征靶多核苷酸的复合物的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)合成核酸A、B和C，并用不含RNA酶的TE缓冲液溶解；

2)等体积混合核酸A、B和C，PCR仪缓慢降温退火，形成RNA-DNA嵌合结构；

3)将RNA-DNA嵌合结构与多核苷酸结合蛋白孵育；

4)孵育结束后使用分子筛将多余的多核苷酸结合蛋白分离去除；

5)纯化后的接头与多核苷酸结合蛋白复合物，使用RNase H进行消化；

6)消化后再经分子筛纯化，去除RNase H，得到表征靶多核苷酸的复合物。