[发明专利]用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用

说明书

本发明公开了一组用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用，该基因标签包括15个长链非编码RNA(Long non‑coding RNA)，分别为AC093326.2，MRGPRG‑AS1，USP30‑AS1，LHFPL3‑AS2，RP5‑907D15.4，OGFRP1，C11orf72，EWSAT1，CEBPA‑AS1，CARD8‑AS1，MIAT，LINC00324，ZNF667‑AS1，A2M‑AS1和LINC00494，并公开了基于该基因标签建立的结直肠癌预后预测模型，其能够用于帮助预测结直肠癌患者预后，且模型具有较强的泛化能力，可以为临床医生和患者提供准确的疗效评估，达到个性化或精准医疗的目的。

技术领域

本发明属于生物医学检测技术领域，具体涉及一种用于结直肠癌预后预测的由15个lncRNA表达量所构成的基因标签，以及该基因标签的应用。

背景技术

结直肠癌(Colorectal Cancer，CRC)是一种常见的消化系统癌症，具有高异质性、高发病率以及高死亡率；结肠癌和直肠癌的发病率分别为全球第四和第八，综合死亡率位居第二。CRC患者的高死亡率主要是由于疾病的快速发展和临床治疗的局限性(Koncina E,Haan S,Rauh S,Letellier E:Prognostic and Predictive Molecular Biomarkers forColorectal Cancer:Updates and Challenges.Cancers 2020,12(2))。通常情况下，癌症患者的风险评估和个性化治疗通常是基于美国癌症联合委员会(AJCC)发布的分类标准。这样的标准只考虑了病人的病理特征，而没有考虑分子生物学特征(Weiser MR:AJCC 8thEdition:Colorectal Cancer.Ann Surg Oncol 2018,25(6):1454-1455)。因此，能够同时考虑到患者的临床和分子生物学特征的标准，将对CRC患者的个性化临床治疗和预后改善具有重要意义。

大量关于肿瘤微环境(TME)的研究表明，肿瘤浸润性免疫细胞在肿瘤的发展和控制中起着关键作用(Barnes TA,Amir E:HYPE or HOPE:the prognostic value ofinfiltrating immune cells in cancer.Br J Cancer 2017,117(4):451-460)。考虑到免疫系统在肿瘤中的重要作用，一些免疫疗法包括免疫检查点抑制剂(ICI)疗法、细胞外细胞因子疗法和采用T细胞疗法被用于治疗肿瘤。尽管一些基于免疫检查点抑制剂的免疫疗法在治疗MSI-H型CRC中取得了良好的效果，但在MSS型CRC中的大多数试验都失败了(Wang D,Zhang H,Xiang T,Wang G:Clinical Application of Adaptive Immune Therapy in MSSColorectal Cancer Patients.Front Immunol 2021,12:762341)。因此能够看出ICI疗法在CRC的临床治疗中并不像我们预期的那样有效。

基因标签是指基于一组基因的表达，通过机器学习建立数学模型，用于预测临床上的具体目标。随着基因表达检测手段(包括二代高通量测序技术、聚合酶链式反应PCR等)逐渐成熟，越来越多的基因标签被发现，以用于结直肠癌的预后预测中。

一方面目前的CRC相关研究中尚未有利用免疫细胞系以及肿瘤细胞系的转录组数据对肿瘤免疫浸润相关lncRNA进行筛选，且目前构建的模型泛化能力较弱，尚存在不足。另一方面，基于肿瘤免疫浸润和CRC之间的紧密联系以及目前研究的不足，尚未有通过肿瘤免疫浸润相关lncRNA进行CRC预后评估的新方法，用于预测结直肠癌患者预后从而指导医生对患者进行个性化治疗。

发明内容

有鉴于此，本发明有必要提供一组用于结直肠癌预后预测的基因标签，该基因标签由15个与结直肠癌预后强相关的lncRNA构成，其能够用于预测结直肠癌患者预后，且构建模型的泛化能力较强，能够为临床医生和患者提供准确的疗效评估，达到个性化或精准医疗的目的。